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- PDB-2nwb: Crystal Structure of a Putative 2,3-dioxygenase (SO4414) from She... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nwb
タイトルCrystal Structure of a Putative 2,3-dioxygenase (SO4414) from Shewanella oneidensis in complex with ferric heme. Northeast Structural Genomics Target SoR52.
要素Conserved domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Heme-binding protein / Hemoprotein / all alpha-helical protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #600 / Monodechloroaminopyrrolnitrin synthase PrnB / Monodechloroaminopyrrolnitrin synthase PrnB / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #480 / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Tryptophan 2,3-dioxygenase KynA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Forouhar, F. / Anderson, J.L.R. / Mowat, C.G. / Hussain, A. / Seetharaman, J. / Bruckmann, C. / Thackray, S.J. / Khan, N. / Cunningham, K. / Janjua, H. ...Forouhar, F. / Anderson, J.L.R. / Mowat, C.G. / Hussain, A. / Seetharaman, J. / Bruckmann, C. / Thackray, S.J. / Khan, N. / Cunningham, K. / Janjua, H. / Zhao, L. / Xiao, R. / Ma, L.C. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Champman, S.K. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Molecular insights into substrate recognition and catalysis by tryptophan 2,3-dioxygenase.
著者: Forouhar, F. / Anderson, J.L. / Mowat, C.G. / Vorobiev, S.M. / Hussain, A. / Abashidze, M. / Bruckmann, C. / Thackray, S.J. / Seetharaman, J. / Tucker, T. / Xiao, R. / Ma, L.C. / Zhao, L. / ...著者: Forouhar, F. / Anderson, J.L. / Mowat, C.G. / Vorobiev, S.M. / Hussain, A. / Abashidze, M. / Bruckmann, C. / Thackray, S.J. / Seetharaman, J. / Tucker, T. / Xiao, R. / Ma, L.C. / Zhao, L. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Chapman, S.K. / Tong, L.
履歴
登録2006年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE. AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT COULD BE EITHER TETRAMER (SEE REMARK 350) OR MONOMER, SINCE THE CLOSE PROTEIN HOMOLOG IN HUMAN (IDO) IS A MONOMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved domain protein
B: Conserved domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8373
ポリマ－92,2202
非ポリマー6161
水5,531307
1
A: Conserved domain protein
B: Conserved domain protein
ヘテロ分子

A: Conserved domain protein
B: Conserved domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,6746
ポリマ－184,4414
非ポリマー1,2332
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
Buried area12440 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area59400 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)138.851, 68.698, 87.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Conserved domain protein / Putative 2 / 3-dioxygenase


分子量: 46110.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_4414 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8E972
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 100mM Tris-HCl, 20% PEG3350, 50 mM Magnesium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97911
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.26 Å / Num. obs: 33304 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 16.98
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZEE

1zee


解像度: 2.4→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 223710.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: XTALVIEW WAS ALSO THE PROGRAM USED IN REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1366 4.9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 27775 83.2 %-
all-33304 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.4477 Å2 / ksol: 0.308835 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.72 Å20 Å20 Å2
2--3.32 Å20 Å2
3---3.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6048 0 43 307 6398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 156 4.7 %
Rwork0.235 3155 -
obs--59.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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