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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nvt | ||||||
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タイトル | RNA Polymerase II Elongation Complex in 150 mM Mg+2 with GMPCPP | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA-RNA HYBRID / MRNA / MULTIPROTEIN COMPLEX / MOLECULAR MACHINE / DNA / TRANSFERASE-DNA-RNA HYBRID COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / translesion synthesis / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / ribosome biogenesis / peroxisome / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.36 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, D. / Bushnell, D.A. / Westover, K.D. / Kaplan, C.D. / Kornberg, R.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006 タイトル: Structural basis of transcription: role of the trigger loop in substrate specificity and catalysis 著者: Wang, D. / Bushnell, D.A. / Westover, K.D. / Kaplan, C.D. / Kornberg, R.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nvt.cif.gz | 755.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nvt.ent.gz | 589.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nvt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/2nvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/2nvt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#2: DNA鎖 | 分子量: 6389.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2128.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-DNA-directed RNA polymerase II ... , 5種, 5分子 ABCIK
#4: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
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#5: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase |
#6: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P16370, DNA-directed RNA polymerase |
#10: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P27999, DNA-directed RNA polymerase |
#12: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P38902, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III ... , 4種, 4分子 EFHL
#7: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20434, DNA-directed RNA polymerase |
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#8: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20435, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20436, DNA-directed RNA polymerase |
#13: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P40422, DNA-directed RNA polymerase |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 RJ
#11: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P22139, DNA-directed RNA polymerase |
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#1: RNA鎖 | 分子量: 3223.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 3種, 11分子
#14: 化合物 | ChemComp-G2P / | ||
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#15: 化合物 | ChemComp-ZN / #16: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200mM NH4OAc, 150mM Mg(OAc)2, 50mM Hepes, pH 7.0, 5% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.36→40 Å / Num. obs: 95301 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 3.36→3.5 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 94.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1SFO 解像度: 3.36→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 70.123 / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.548 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 124.679 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.36→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.36→3.448 Å / Total num. of bins used: 20
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