PDB-2nv2: Structure of the PLP synthase complex Pdx1/2 (YaaD/E) from Bacill...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nv2

タイトル

Structure of the PLP synthase complex Pdx1/2 (YaaD/E) from Bacillus subtilis

要素

Glutamine amidotransferase subunit pdxT
Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

キーワード

LYASE/TRANSFERASE / (beta/alpha)8-barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / PLP synthase complex / LYASE-TRANSFERASE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

amine-lyase activity / pyridoxine metabolic process / glutaminase complex / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / L-glutamine catabolic process / glutaminase / glutaminase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Strohmeier, M. / Tews, I. / Sinning, I.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure of a bacterial pyridoxal 5'-phosphate synthase complex
著者: Strohmeier, M. / Raschle, T. / Mazurkiewicz, J. / Rippe, K. / Sinning, I. / Fitzpatrick, T.B. / Tews, I.

履歴

登録	2006年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	2nv2_full_validation.pdf.gz	843.4 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/2nv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/2nv2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nv0C 2nv1SC 1r9g 1znn C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2iss-1 4wxy-1 4ads-1 1tzn-1 1tzn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

B: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

C: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

D: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

E: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

F: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

G: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

H: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

I: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

J: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

K: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

L: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

M: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

N: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

O: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

P: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

Q: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

R: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

S: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

T: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

U: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

V: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

W: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

X: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

ヘテロ分子

653 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.507, 259.009, 144.962
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 24分子 ACEGIKMOQSUWBDFHJLNPRTVX

#1: タンパク質	Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS / Superoxide-inducible protein 7 / SOI7 / Pdx1 分子量: 31649.562 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: strain 168 / プラスミド: pET21a, pETBsPdx1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 [DE3] 参照: UniProt: P37527, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#2: タンパク質	Glutamine amidotransferase subunit pdxT / Glutamine amidotransferase glutaminase subunit pdxT / Pdx2 分子量: 22517.717 Da / 分子数: 12 / Mutation: H170N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: strain 168 / プラスミド: pET24b, pETBsPdx2H170N-His6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 [DE3] / 参照: UniProt: P37528, EC: 2.6.-.-

#1: タンパク質

Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS / Superoxide-inducible protein 7 / SOI7 / Pdx1

分子量: 31649.562 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: strain 168 / プラスミド: pET21a, pETBsPdx1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 [DE3]
参照: UniProt: P37527, 付加脱離酵素（リアーゼ）

#2: タンパク質

Glutamine amidotransferase subunit pdxT / Glutamine amidotransferase glutaminase subunit pdxT / Pdx2

分子量: 22517.717 Da / 分子数: 12 / Mutation: H170N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: strain 168 / プラスミド: pET24b, pETBsPdx2H170N-His6 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 [DE3] / 参照: UniProt: P37528, EC: 2.6.-.-

-
非ポリマー , 4種, 5816分子

#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₂O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15-17% PEG 4000, 200mM tri-ammonium citrate pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月17日 / 詳細: ESRF
放射	モノクロメーター: ESRF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→50 Å / Num. all: 388915 / Num. obs: 381798 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 29 Å² / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.12→2.14 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.443 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NV1

2nv1

解像度: 2.12→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 7.636 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19789	19065	5 %	RANDOM
R_work	0.14608	-	-	-
obs	0.14868	361794	98.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.093 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.94 Å²	0 Å²	0.31 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.49 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.225 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	41883	0	203	5774	47860

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	43133
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	29288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.973	58269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	71772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.246	5	5665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.262	24.655	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.956	15	7682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.123	15	313
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	6701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	48547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	8182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	9638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	33501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	20898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	23371
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	3942
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.101	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.287	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.294	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.043	1.5	30147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.186	1.5	11466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.383	2	44402
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.318	3	16164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.469	4.5	13799
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	1321	-
R_work	0.194	26337	-
obs	-	-	96.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2414	0.0697	-0.0439	0.2878	-0.1137	0.5831	0.0084	-0.0273	-0.0408	0.0426	-0.0197	-0.039	-0.1378	0.1083	0.0112	-0.0719	-0.0549	-0.02	0.0177	0	-0.0129	24.6055	36.1559	48.2131
2	1.4686	0.0543	0.048	2.0056	-0.1271	1.7532	0.0317	-0.1078	0.2646	-0.0304	-0.0079	-0.0666	-0.6031	0.1819	-0.0238	0.1241	-0.1851	-0.0099	-0.1367	-0.0483	-0.0906	31.072	62.2632	51.1467
3	0.3875	0.1775	-0.0333	0.2748	0.0553	0.4527	0.0018	-0.0147	0.0086	-0.0135	-0.0116	-0.0363	-0.0365	0.0742	0.0098	-0.086	-0.0048	0.0093	0.014	0.0082	0.0027	22.0932	29.1681	10.0046
4	1.3734	0.0508	-0.4144	1.6907	0.332	2.274	0.0778	0.2945	0.3092	-0.3711	-0.0006	-0.0584	-0.322	-0.0437	-0.0772	-0.0006	-0.0298	0.0367	-0.0182	0.1297	-0.0665	25.7952	45.1974	-11.5458
5	0.0737	0.1508	-0.1312	0.7683	-0.0416	0.3453	-0.009	-0.0205	0.0368	-0.1043	-0.0068	-0.152	0.0815	0.0314	0.0159	-0.0567	0.0291	0.0434	-0.0161	-0.0003	0.0238	17.7502	-7.1177	-2.7651
6	1.54	-0.1332	-0.2924	1.5725	0.043	2.6537	-0.1369	0.3436	-0.144	-0.4121	0.0176	-0.137	0.5146	-0.1854	0.1193	0.1712	-0.0379	0.1492	-0.0711	-0.0619	-0.1866	18.7556	-17.5632	-27.4497
7	0.1112	-0.099	-0.0985	0.3615	-0.0452	0.5386	0.0036	0.0164	0.0556	-0.0134	-0.0068	-0.0501	0.0898	0.0664	0.0031	-0.0384	0.0317	0.01	-0.0092	-0.0141	-0.0152	16.007	-36.3995	22.6286
8	0.8531	-0.0379	0.011	1.674	-0.0117	2.0916	-0.0098	-0.0063	-0.1095	0.1129	0.0571	0.0108	0.5169	-0.0377	-0.0473	0.133	0.0531	0.0205	-0.1388	-0.0126	-0.0973	16.4709	-63.0791	19.2759
9	0.2494	-0.2139	0.0601	0.4271	0.1909	0.3912	-0.0018	0.0381	0.011	0.0347	0.0038	-0.0632	0.0332	0.0509	-0.002	-0.0434	0.0068	-0.0021	-0.0163	-0.0143	-0.0003	18.7551	-29.284	60.8584
10	0.936	0.1024	0.3357	1.4648	0.3161	1.5922	-0.0153	-0.1387	-0.1182	0.374	0.0165	-0.0083	0.2431	-0.0339	-0.0013	0.0634	0.0369	-0.0167	-0.0928	0.039	-0.0635	20.7649	-45.726	82.1587
11	0.0759	-0.0086	0.1683	0.7535	-0.0125	0.3733	-0.0385	0.0554	-0.0211	0.0876	0.0241	-0.1467	-0.0142	0.065	0.0144	-0.0829	-0.0121	-0.043	-0.0086	-0.0107	0.0347	22.9399	6.972	73.5692
12	1.4046	0.5666	-0.0134	2.7377	0.2491	1.5121	0.0483	-0.2174	0.081	0.6637	-0.0752	-0.2025	-0.2114	0.0961	0.0269	0.0919	-0.0251	-0.1794	-0.074	-0.0302	-0.0863	28.2284	17.1125	97.9872
13	0.1107	-0.1069	0.1041	0.2957	0.0249	0.45	-0.011	-0.0046	-0.0486	0.0237	0.0094	0.0304	-0.0628	-0.0499	0.0016	-0.0538	0.0273	0.0032	0.0094	-0.0047	-0.0174	-20.051	40.8872	25.1608
14	0.6908	-0.0713	0.0132	1.8345	0.2523	1.3756	-0.0689	-0.0125	0.0643	0.036	0.1048	-0.0419	-0.4131	0.0493	-0.0359	0.0721	0.0341	-0.0208	-0.0898	-0.0142	-0.1004	-20.3087	67.6196	22.3455
15	0.1967	-0.1447	-0.0667	0.4151	-0.1563	0.4574	0.0054	0.063	-0.0021	0.0621	0.0053	0.0419	-0.0829	-0.0481	-0.0107	-0.044	0.0186	0.0105	-0.0102	-0.0011	-0.0172	-18.9323	33.1805	63.0868
16	0.9896	0.1268	-0.1087	2.0234	-0.3333	1.7256	-0.0099	-0.0988	0.1386	0.5591	-0.0133	-0.0556	-0.1741	0.0801	0.0232	0.1686	0.049	0.0028	-0.13	-0.0329	-0.127	-19.3955	49.0556	84.93
17	0.1552	0.0167	-0.1469	0.5264	0.1849	0.4453	-0.0063	0.0664	0.0365	0.0818	-0.0593	0.074	0.0517	-0.0881	0.0656	-0.0598	-0.0263	0.0368	-0.014	-0.0371	0.009	-22.1039	-3.4685	75.5377
18	1.3233	0.2075	-0.1994	1.3441	-0.0635	1.7537	-0.0482	-0.2237	-0.111	0.2806	-0.0585	0.0285	0.335	0.0113	0.1067	0.103	-0.0456	0.1102	-0.0721	-0.0127	-0.1327	-25.2655	-14.0216	100.3015
19	0.1876	0.1409	-0.0512	0.3972	0.1232	0.6538	-0.0014	-0.0019	0.0764	0.0503	-0.0309	0.0898	0.1271	-0.1067	0.0323	-0.0623	-0.0621	0.0274	0.0019	-0.0418	0.0009	-26.128	-32.3338	49.9222
20	1.6429	0.2417	0.2288	2.0815	0.356	2.0911	0.0471	-0.0273	-0.2948	0.0784	-0.0346	0.07	0.6374	-0.1419	-0.0125	0.1313	-0.1689	0.0656	-0.1596	-0.0094	-0.0694	-31.6514	-58.5792	53.2123
21	0.2321	0.0597	0.0653	0.6149	-0.2241	0.4472	0.0081	-0.0195	-0.0083	-0.1173	0.0365	0.1363	0.1147	-0.0611	-0.0446	-0.0698	-0.0451	-0.0454	-0.0115	-0.0096	0.0136	-27.313	-24.6471	12.0475
22	2.1268	0.1319	0.5286	2.1549	-0.486	2.7813	0.0726	0.382	-0.3803	-0.7152	0.0575	0.3289	0.507	0.027	-0.1301	0.1851	-0.0898	-0.2028	-0.1167	-0.1369	-0.0874	-33.2868	-40.2253	-9.3206
23	0.2295	-0.0792	0.1351	0.3821	-0.0489	0.2717	0.0042	-0.0074	-0.0225	-0.0352	0.0146	0.045	0.0105	-0.0499	-0.0188	-0.0773	0.0055	-0.0164	0.0175	-0.0098	-0.0046	-24.393	11.999	-0.2558
24	0.8834	-0.3308	-0.0884	2.0414	-0.1227	1.2073	0.0222	0.1451	0.039	-0.439	0.0175	0.0183	-0.1279	-0.0538	-0.0397	0.0258	0.0028	-0.0464	-0.004	0.0041	-0.1298	-27.9948	23.1207	-24.7055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 269	2 - 269
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 193	1 - 193
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 270	2 - 270
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 193	1 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	2 - 270	2 - 270
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 191	1 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	2 - 269	2 - 269
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	1 - 193	1 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	2 - 272	2 - 272
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	1 - 193	1 - 193
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	2 - 271	2 - 271
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	1 - 192	1 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	M	2 - 270	2 - 270
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	N	1 - 193	1 - 193
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	O	2 - 269	2 - 269
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	P	1 - 193	1 - 193
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	Q	2 - 271	2 - 271
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	R	1 - 193	1 - 193
19	X-RAY DIFFRACTION	19	S	S	2 - 271	2 - 271
20	X-RAY DIFFRACTION	20	T	T	1 - 193	1 - 193
21	X-RAY DIFFRACTION	21	U	U	2 - 272	2 - 272
22	X-RAY DIFFRACTION	22	V	V	1 - 193	1 - 193
23	X-RAY DIFFRACTION	23	W	W	2 - 271	2 - 271
24	X-RAY DIFFRACTION	24	X	X	1 - 193	1 - 193

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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