PDB-2nuj: Crystal structure of thioesterase superfamily (YP_509914.1) from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nuj

タイトル

Crystal structure of thioesterase superfamily (YP_509914.1) from Jannaschia Sp. CCS1 at 2.00 A resolution

要素

Thioesterase superfamily

キーワード

HYDROLASE / YP_509914.1 / thioesterase superfamily / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

: / Thioesterase-like superfamily / fatty acyl-CoA hydrolase activity / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Thioesterase superfamily

機能・相同性情報

生物種

Jannaschia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of thioesterase superfamily (YP_509914.1) from Jannaschia Sp. CCS1 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2nuj_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nuj_full_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示
XML形式データ	2nuj_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	2nuj_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nuj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5iw4-d 5isy-d 2gb5-d 3b51-d 4fi9-1 3qyf-d 5fle-d 5hpk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 366909

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioesterase superfamily

B: Thioesterase superfamily

ヘテロ分子

37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioesterase superfamily

B: Thioesterase superfamily

ヘテロ分子

A: Thioesterase superfamily

B: Thioesterase superfamily

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.401, 78.401, 151.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 161 / Label seq-ID: 4 - 162

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Thioesterase superfamily 分子量: 18219.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Jannaschia (バクテリア) / 属: Jannaschia / 株: CCS1 / 遺伝子: YP_509914.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q28QX3
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 9 詳細: 65.0% MPD, 0.1M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97922

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97922 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→28.796 Å / Num. obs: 32500 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.193 / R_sym value: 0.193 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2-2.05	7.2	1.385	1.6	17122	2368	1.385	100
2.05-2.11	7.2	0.014	0.7	16667	2310	0.01064	100
2.11-2.17	7.3	0.014	0.8	16365	2251	0.861	100
2.17-2.24	7.2	0.014	1	15712	2182	0.74	99.9
2.24-2.31	7.2	0.014	1.1	15482	2136	0.639	99.9
2.31-2.39	7.2	0.014	1.3	14761	2041	0.548	99.9
2.39-2.48	7.2	0.014	1.6	14386	1988	0.451	99.8
2.48-2.58	7.3	0.014	1.8	13871	1911	0.41	99.8
2.58-2.7	7.2	0.014	2.3	13359	1852	0.319	99.8
2.7-2.83	7.2	0.014	2.9	12604	1748	0.251	99.7
2.83-2.98	7.2	0.014	3.7	12151	1682	0.2	99.6
2.98-3.16	7.2	0.014	4.6	11436	1589	0.157	99.5
3.16-3.38	7.2	0.014	5.2	10749	1490	0.133	99.4
3.38-3.65	7.1	0.014	5.9	9929	1397	0.114	99.3
3.65-4	7	0.014	6.7	9170	1301	0.1	99
4-4.47	7.1	0.014	7.9	8399	1177	0.081	98.8
4.47-5.16	7	0.014	9.3	7421	1053	0.07	98.9
5.16-6.32	7	0.014	8.5	6194	891	0.078	98.2
6.32-8.94	6.7	0.014	9.3	4831	718	0.07	98.2
8.94-28.8	6.1	0.014	8.4	2527	415	0.061	94.6

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→28.796 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.811 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.187	1648	5.1 %	RANDOM
R_work	0.155	-	-	-
obs	0.157	32500	99.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2485	0	40	221	2746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.966	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.834	3	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.33	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.195	21.017	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.982	15	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.108	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.282	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.089	3	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.771	3	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.095	5	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.899	8	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.947	11	1019

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
893	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
1406	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
893	MEDIUM THERMAL	1.12	2
1406	LOOSE THERMAL	2.87	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	116	-
R_work	0.227	2254	-
obs	-	2370	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6187	0.1004	-0.024	1.0297	0.3683	1.1158	0.0213	-0.0512	-0.025	0.0184	0.0633	-0.0841	0.0832	0.131	-0.0846	-0.0584	0.0223	-0.0107	-0.0447	-0.0032	-0.0621	50.995	50.0773	6.0758
2	1.0672	-0.622	-0.2291	1.6479	0.6098	1.4608	-0.0569	-0.0719	0.091	0.1667	0.0654	-0.0715	-0.0723	0.0486	-0.0085	-0.0045	-0.0156	-0.0082	-0.0768	-0.0155	-0.0252	43.8692	78.4208	12.3838

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 3 - 161 / Label seq-ID: 4 - 162

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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