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万見
- PDB-2ntz: Structure of a ParB-DNA complex reveals a double B-box interaction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ntz
タイトルStructure of a ParB-DNA complex reveals a double B-box interaction
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3'
  • ParB
キーワードCELL CYCLE/DNA / partition / segregation / parb / para / CELL CYCLE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ParB protein family, C-terminal / ParB family / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Chromosome (Plasmid) partitioning protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Mansoor, A. / Funnell, B.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure of a four-way bridged ParB-DNA complex provides insight into P1 segrosome assembly.
著者: Schumacher, M.A. / Mansoor, A. / Funnell, B.E.
履歴
登録2006年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
W: 5'-D(*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
U: 5'-D(*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3'
A: ParB
B: ParB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0506
ポリマ－64,0506
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.420, 144.420, 78.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*A)-3'


分子量: 4892.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3'


分子量: 4905.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 ParB


分子量: 22227.596 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 142-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
属: P1-like viruses / 遺伝子: parb / プラスミド: pet15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(de3) / 参照: UniProt: Q38420

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, MES 6.5, Magnesium chloride, sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2MES 6.511
3Magnesium chloride11
4sodium chloride11
5H2O11
6MPD12
7MES 6.512
8Magnesium chloride12
9sodium chloride12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.989
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→129.1 Å / Num. all: 15990 / Num. obs: 15703 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 89 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.35→3.5 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2177 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1zx4

1zx4


解像度: 3.35→66.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 5132409.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.336 692 5 %RANDOM
Rwork0.288 ---
all0.29 15990 --
obs0.288 13749 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.6469 Å2 / ksol: 0.175069 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 145.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1 Å213.58 Å20 Å2
2--4.1 Å20 Å2
3----8.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→66.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2844 1300 0 0 4144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d32.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.94
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 109 4.8 %
Rwork0.356 2172 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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