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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ntu | ||||||
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タイトル | Bacteriorhodopsin, wild type, before illumination | ||||||
![]() | Bacteriorhodopsin | ||||||
![]() | PROTON TRANSPORT / ION PUMP / MEMBRANE PROTEIN / RETINAL PROTEIN / LIPIDS / PHOTORECEPTOR / HALOARCHAEA / 7-TRANSMEMBRANE / SERPENTINE / ION TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lanyi, J.K. / Schobert, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural changes in the L photointermediate of bacteriorhodopsin. 著者: Lanyi, J.K. / Schobert, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 635.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 639.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26929.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-RET / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 5.6 詳細: MO:WATER:PHOSPHATE, PH 5.6, CUBIC LIPID PHASE, TEMPERATURE 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→25 Å / Num. all: 34929 / Num. obs: 33846 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 41.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3360 / % possible all: 87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1C3W 解像度: 1.53→25 Å / Num. parameters: 7056 / Num. restraintsaints: 7241 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1763 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.59 Å / Num. reflection Rfree: 168 / Num. reflection obs: 3360 |