PDB-2nsm: Crystal structure of the human carboxypeptidase N (Kininase I) ca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nsm

タイトル

Crystal structure of the human carboxypeptidase N (Kininase I) catalytic domain

要素

Carboxypeptidase N catalytic chain

キーワード

HYDROLASE / caroxypeptidase / zinc peptidase / transthyretin-like domain / hormone processing / peptide modification

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine carboxypeptidase / peptide metabolic process / regulation of complement activation / bradykinin catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / response to glucocorticoid / Regulation of Complement cascade / protein processing / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Keil, C. / Maskos, K. / Than, M. / Hoopes, J.T. / Huber, R. / Tan, F. / Deddish, P.A. / Erdoes, E.G. / Skidgel, R.A. / Bode, W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the human carboxypeptidase N (kininase I) catalytic domain
著者: Keil, C. / Maskos, K. / Than, M. / Hoopes, J.T. / Huber, R. / Tan, F. / Deddish, P.A. / Erdoes, E.G. / Skidgel, R.A. / Bode, W.

履歴

登録	2006年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nsm.cif.gz	103.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nsm.ent.gz	76.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nsm_validation.pdf.gz	466 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nsm_full_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示
XML形式データ	2nsm_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	2nsm_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h8lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1sqd-d 4asx-1 5ywi-d 1h2m-d 1js8-1 6h9j-d 1h2n-d 3sq5-2 3q4t-2 4bn2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Carboxypeptidase N catalytic chain

ヘテロ分子

51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.030, 150.030, 54.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質

Carboxypeptidase N catalytic chain / CPN / Carboxypeptidase N polypeptide 1 / Carboxypeptidase N small subunit / Lysine carboxypeptidase ...

分子量: 50184.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主:

Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P15169, lysine carboxypeptidase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes, 2M Ammonium sulfate, 5mM EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal, non dispersive プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 41723 / Num. obs: 41723 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 4.37 / Observed criterion σ(I): 4.37 / 冗長度: 3.36 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 15.26
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 3.35 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.37 / Num. unique all: 41723 / R_sym value: 0.28 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1H8L

1h8l

解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 4.37 / σ(I): 4.37 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	2069	-
R_work	0.1789	-	-
obs	0.1789	40803	98.3 %
all	-	41528	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3137	0	62	370	3569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.27
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.17 Å / R_factor R_free error: 0.012

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	2069	-
R_work	0.1789	-	-
obs	-	-	98.3 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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