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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nsj | ||||||
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タイトル | E. coli PurE H45Q mutant complexed with CAIR | ||||||
要素 | Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit | ||||||
キーワード | LYASE / central three-layer alpha-beta-alpha sandwich / kinked C-terminal helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Ealick, S.E. / Morar, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: N(5)-CAIR Mutase: Role of a CO(2) Binding Site and Substrate Movement in Catalysis. 著者: Hoskins, A.A. / Morar, M. / Kappock, T.J. / Mathews, I.I. / Zaugg, J.B. / Barder, T.E. / Peng, P. / Okamoto, A. / Ealick, S.E. / Stubbe, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nsj.cif.gz | 45.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nsj.ent.gz | 30.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nsj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2nsj_validation.pdf.gz | 734.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2nsj_full_validation.pdf.gz | 735.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2nsj_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2nsj_validation.cif.gz | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 8||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17789.252 Da / 分子数: 1 / 変異: H45Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: purE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AG18, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-C2R / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG400, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→39.34 Å / Num. all: 8526 / Num. obs: 6763 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 30 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.44 Å / % possible all: 86.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ATE 解像度: 2.31→39.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 345703.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.7116 Å2 / ksol: 0.358729 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→39.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.31→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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