PDB-2nsc: Structures of and interactions between domains of trigger factor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nsc

タイトル

Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima

要素

Trigger factor

キーワード

CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

'de novo' cotranslational protein folding / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / regulation of DNA-templated transcription elongation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / cell cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structures of and interactions between domains of trigger factor from Thermotoga maritima.
著者: Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2006年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nsc.cif.gz	38.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nsc.ent.gz	26.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nsc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nsc_validation.pdf.gz	413.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nsc_full_validation.pdf.gz	414 KB	表示
XML形式データ	2nsc_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	2nsc_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nsaC 2nsbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nsb-d 2rax-1 2km7-d 2dgc-1 2rax-2 3cto-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trigger factor

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Trigger factor

ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.214, 75.871, 30.514
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Strand swapped dimer is probably a construct artifact

#1: タンパク質	Trigger factor / TF 分子量: 12818.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tig / プラスミド: pet24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): codonplus RIL / 参照: UniProt: Q9WZF8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 15% PEG 4000, 0.2M potassium chloride, 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.91994
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月13日
放射	モノクロメーター: DOUBLE MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91994 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 6440 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 34.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 7.756 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.62 Å
Translation	2.5 Å	19.62 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→19.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 12.164 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	297	4.6 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	-	6404	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	898	0	0	138	1036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	909
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.164	2.002	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.561	5	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.705	24.348	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.803	15	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.532	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.838	1.5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.29	2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.094	3	378
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.32	4.5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	17	-
R_work	0.202	424	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3081	1.7604	0.2019	1.1084	-0.0909	0.4767	-0.0082	0.1043	-0.0257	-0.0618	-0.0128	-0.0142	-0.0158	-0.0265	0.021	0.0048	0.0279	0.0075	-0.0415	-0.0133	-0.0089	43.8371	-2.5773	21.4033
2	2.5856	-3.729	2.1101	17.4845	-11.2177	9.3725	-0.1973	-0.2424	0.1038	0.3702	0.2575	-0.0774	-0.2764	-0.0019	-0.0602	-0.0301	0.0074	0.0084	0.015	-0.0414	-0.057	42.4689	-10.0369	41.7072
3	2.6722	-2.683	3.5226	8.8326	-0.3074	14.322	-0.1105	0.0081	0.2958	0.3967	0.1394	-0.5711	-0.029	0.9912	-0.0289	-0.1627	0.0702	-0.0608	0.0014	-0.003	0.0508	52.4335	-14.6939	46.1619
4	10.9193	-3.5689	5.7154	1.8353	-1.7568	3.2784	0.0339	-0.2196	-0.1672	0.0993	0.0244	0.1054	0.1886	-0.233	-0.0584	-0.0302	-0.0007	0.0202	0.0298	-0.0177	-0.0383	34.6626	-9.2948	31.204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 21	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	84 - 109	84 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	22 - 39	22 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	40 - 60	40 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	61 - 83	61 - 83

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関連情報:EMDBヘッダ

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