PDB-2nsb: Structures of and interactions between domains of trigger factor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nsb

タイトル

Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima

要素

Trigger factor

キーワード

CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

'de novo' cotranslational protein folding / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / regulation of DNA-templated transcription elongation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / cell division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structures of and interactions between domains of trigger factor from Thermotoga maritima.
著者: Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2006年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nsb.cif.gz	58.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nsb.ent.gz	43.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nsaC 2nscC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nsc-d 2rax-1 2km7-d 2dgc-1 1wwa-1 3cto-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trigger factor

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Trigger factor

ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.092, 86.553, 32.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Trigger factor / TF 分子量: 12818.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tig / プラスミド: pet24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): codonplus ril / 参照: UniProt: Q9WZF8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 14% PEG 4000, 0.2M potassium chloride 0.2M, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1
3	1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.97917, 0.97884, 0.96864

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月24日
詳細: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal.

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97917	1
2	0.97884	1
3	0.96864	1

Reflection

D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
3	1	28.3	11956	0.029	1.22	4052	91.8
2.9	2	26.2	11895	0.03	1.22	4042	91.6
1.5	3	21.1	5195	0.029	1.2	3450	78.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.89	50	90.2	1	0.022	1.029	3.3
5.47	6.89	97.3	1	0.027	1.13	3.4
4.78	5.47	98.2	1	0.029	1.207	3.4
4.34	4.78	99.1	1	0.03	1.159	3.5
4.03	4.34	99.3	1	0.033	1.449	3.4
3.79	4.03	98.7	1	0.036	1.292	3.1
3.6	3.79	95.6	1	0.053	1.508	2.7
3.45	3.6	93.8	1	0.067	1.072	2.3
3.31	3.45	77	1	0.072	0.996	1.9
3.2	3.31	68.2	1	0.126	1.019	1.8
6.89	50	89.5	2	0.023	1.06	3.3
5.47	6.89	95.4	2	0.028	1.125	3.4
4.78	5.47	97.9	2	0.029	1.155	3.4
4.34	4.78	99.3	2	0.032	1.254	3.5
4.03	4.34	99.3	2	0.036	1.459	3.4
3.79	4.03	98.5	2	0.041	1.323	3.1
3.6	3.79	95.6	2	0.058	1.398	2.7
3.45	3.6	94.1	2	0.073	1.106	2.3
3.31	3.45	77.4	2	0.086	1.117	1.9
3.2	3.31	68.5	2	0.137	0.888	1.8
6.89	50	82.1	3	0.023	1.2	1.6
5.47	6.89	88.4	3	0.026	1.315	1.6
4.78	5.47	88.9	3	0.027	1.156	1.6
4.34	4.78	90.8	3	0.031	1.298	1.6
4.03	4.34	91.4	3	0.034	1.523	1.6
3.79	4.03	84.9	3	0.037	1.132	1.5
3.6	3.79	81	3	0.06	1.076	1.4
3.45	3.6	72.3	3	0.076	0.98	1.4
3.31	3.45	54.5	3	0.096	0.552	1.2
3.2	3.31	47.1	3	0.155	0.701	1.2

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 2373 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 28.3

反射シェル

解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Num. unique all: 302 / % possible all: 68.2

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9788	5.56	-6.71
1	3 wavelength	2	0.9792	4.19	-12.08
1	3 wavelength	3	0.9686	3.71	-0.98

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	11.765	15.182	17.049	SE	60	0.49
2	30.582	38.6	16.749	SE	60	0.2
3	34.134	9.354	3.771	SE	60	0.34

Phasing dm

FOM : 0.79 / FOM acentric: 0.8 / FOM centric: 0.73 / 反射: 1890 / Reflection acentric: 1404 / Reflection centric: 486

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10-19.785	0.97	0.97	0.97	81	41	40
6.3-10	0.92	0.94	0.88	272	172	100
5-6.3	0.88	0.91	0.8	324	233	91
4.4-5	0.88	0.9	0.81	325	245	80
3.8-4.4	0.73	0.76	0.64	548	438	110
3.5-3.8	0.55	0.6	0.34	340	275	65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.2→19.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 57.322 / SU ML: 0.412 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.551
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	224	9.6 %	RANDOM
R_work	0.256	-	-	-
all	0.262	-	-	-
obs	-	2343	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.166 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	898	0	0	0	898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.208	2.002	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.093	5	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.104	24.348	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.455	15	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.079	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	671
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.299	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.343	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.302	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.155	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.752	1.5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.261	2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.891	3	364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.18	4.5	334

LS精密化シェル

解像度: 3.201→3.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	8	-
R_work	0.328	120	-
obs	-	128	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4642	0.7328	-0.3318	1.1625	-0.596	1.1773	-0.1514	0.0192	-0.1503	-0.0171	0.143	-0.0649	-0.1598	-0.0463	0.0085	0.7562	-0.0155	0.0633	0.6027	0.0251	0.8107	41.525	39.3401	7.8227
2	3.4456	-3.5447	2.2277	21.8997	-15.288	20.4498	-0.4784	-1.4012	0.064	2.5331	0.8046	1.582	-1.1697	-0.0905	-0.3262	0.5289	0.0033	0.1423	0.7304	0.0217	0.7915	40.641	32.1217	29.1211
3	19.1354	7.302	-16.1705	5.2124	-3.3408	16.9659	1.2821	-1.8568	0.4718	0.7602	-1.6633	-0.4665	0.6017	2.6579	0.3812	1.0629	0.1682	-0.1137	0.9383	-0.0856	0.5532	51.2222	29.2278	33.5375
4	1.8668	2.416	4.8382	3.6832	6.1894	12.5488	-0.8327	-0.7434	-0.5744	0.3811	0.548	0.2821	-0.2216	-0.2278	0.2847	0.5666	-0.0265	0.0159	0.7827	0.1595	0.631	33.1295	31.3466	17.8853

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1 - 21	1 - 21
2	1	84 - 109	84 - 109
3	2	22 - 39	22 - 39
4	3	40 - 60	40 - 60
5	4	61 - 83	61 - 83

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