PDB-2ns3: Solution structure of ribbon BuIA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ns3

タイトル

Solution structure of ribbon BuIA

要素

Alpha-conotoxin BuIA

キーワード

TOXIN / ribbon disulfide connectivity

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Jin, A.H. / Brandstaetter, H. / Nevin, S.T. / Tan, C.C. / Clark, R.J. / Adams, D.J. / Alewood, P.F. / Craik, D.J. / Daly, N.L.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of alpha-conotoxin BuIA: influences of disulfide connectivity on structural dynamics
著者: Jin, A.H. / Brandstaetter, H. / Nevin, S.T. / Tan, C.C. / Clark, R.J. / Adams, D.J. / Alewood, P.F. / Craik, D.J. / Daly, N.L.

履歴

登録	2006年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ns3.cif.gz	61.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ns3.ent.gz	41.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ns3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2ns3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2ns3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1xgb-d 5t6t-d 7l7a-d 6y13-d 1ao4-d 1xga-d 2mig-d 2mfx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin BuIA

1.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin BuIA 分子量: 1314.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Conus bullatus (Bubble cone) 参照: UniProt: P69657
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	E-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM ribbon BuIA; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 282 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	1.3	Bruker	collection
Sparky	3.113	Goddard Kneller	データ解析
CNS	1.1		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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