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- PDB-2nrp: MoeA R350A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nrp
タイトルMoeA R350A
要素Molybdopterin biosynthesis protein moeA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / molybdopterin / MPT / Moco / molybdenum / MoeA / MogA / gephyrin / Cnx1 / cinnamon
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Molybdopterin biosynthesis moeA protein; domain 3 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 3. / Beta-clip / MoeA, C-terminal, domain IV / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily ...Molybdopterin biosynthesis moeA protein; domain 3 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 3. / Beta-clip / MoeA, C-terminal, domain IV / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily / Molybdopterin biosynthesis protein MoeA-like / MoeA N-terminal region (domain I and II) / MoeA C-terminal region (domain IV) / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin molybdenumtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nicolas, J. / Xiang, S. / Schindelin, H. / Rajagopalan, K.V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Mutational Analysis of Escherichia coli MoeA: Two Functional Activities Map to the Active Site Cleft.
著者: Nichols, J.D. / Xiang, S. / Schindelin, H. / Rajagopalan, K.V.
履歴
登録2006年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdopterin biosynthesis protein moeA
B: Molybdopterin biosynthesis protein moeA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3165
ポリマ－88,0402
非ポリマー2763
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area34980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.371, 98.740, 100.226
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Dimer of chains A and B

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要素

#1: タンパク質 Molybdopterin biosynthesis protein moeA


分子量: 44019.941 Da / 分子数: 2 / 変異: R350A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: moeA, bisB, chlE, narE / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AH69 (DE3) / 参照: UniProt: P12281
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10%-15% PEG 6000/8000, 0.2-0.5 M calcium acetate, 0.1 M cacodylic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 17214 / Num. obs: 17145 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 46.9 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.529 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 913 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.221 17214 --
obs0.221 17145 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.18 Å20 Å20 Å2
2---3.93 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6081 0 18 2 6101
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.9748445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81313408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9585806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.62724.091264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.98215996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3631546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.26260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.23051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.24162
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0790.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1030.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2750.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6361.55013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0761.51655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77426437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02832473
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6874.52008
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 86 -
Rwork0.293 1219 -
obs-1305 99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.12032.3091-0.19267.73733.34166.2930.0452-0.3892-0.36380.40090.0124-0.7324-0.16230.2225-0.0576-0.17870.033-0.049-0.2001-0.035-0.0269-26.02552.1222-4.5561
25.043.01350.677418.235-6.118510.1960.00410.4773-0.3376-0.06730.33920.91290.1261-0.2699-0.34330.2916-0.0477-0.02330.3119-0.1030.3171-28.726789.679921.8195
31.40130.6297-0.25252.087-0.5730.9788-0.12730.23820.1161-0.09360.22750.3816-0.0931-0.274-0.1002-0.20180.0201-0.0471-0.07640.0361-0.2152-19.815444.093814.3917
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA53 - 14053 - 140
22BB53 - 14053 - 140
33AA7 - 527 - 52
43BB7 - 527 - 52
53AA141 - 409141 - 409
63BB141 - 409141 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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