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- PDB-2nra: Crystal structure of Pi initiator protein in complex with iteron DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nra
タイトルCrystal structure of Pi initiator protein in complex with iteron DNA
要素
  • 5'-D(*GP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3'
  • PI protein
キーワードREPLICATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA REPLICATION / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication initiation / DNA-directed DNA polymerase activity
類似検索 - 分子機能
Initiator Rep protein / Initiator Replication protein, WH1 / Initiator Rep protein, WH2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / PI protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Swan, M.K. / Bastia, D. / Davies, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of pi initiator protein-iteron complex of plasmid R6K: implications for initiation of plasmid DNA replication.
著者: Swan, M.K. / Bastia, D. / Davies, C.
履歴
登録2006年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3'
B: 5'-D(*GP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3'
C: PI protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9353
ポリマ－45,9353
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.900, 125.900, 138.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3'


分子量: 7104.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Iteron oligonucleotide
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3'


分子量: 7006.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Iteron oligonucleotide
#3: タンパク質 PI protein / Replication initiation protein


分子量: 31823.906 Da / 分子数: 1 / Mutation: P42L, P106L, F107S, P113S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pir / プラスミド: pTXB1-intein / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P03067

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.82 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 5% polyethylene glycol 8000, 50 mM MgCl2 and 100 mM NH4H2PO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1polyethylene glycol 800011
2MgCl211
3NH4H2PO411
4H2O11
5polyethylene glycol 800012
6MgCl212
7NH4H2PO412
8H2O12

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11.076
シンクロトロンNSLS X12B20.9201, 0.9208, 0.9184
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2005年2月23日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年5月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si-220SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si-111MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0761
20.92011
30.92081
40.91841
反射解像度: 3.1→35.1 Å / Num. all: 12173 / Num. obs: 12173 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 106.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 44.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1193 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→35.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 42.311 / SU ML: 0.355 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The single wavelength data were used for refinement. The MAD data were used to solve the initial structure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 593 4.9 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.227 12161 --
obs0.227 12161 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→35.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2000 936 0 0 2936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8542.3614355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7085250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86623.95386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.67215384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8681512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.21366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.21968
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3490.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6781.51282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19922013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2932310
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1934.52342
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 46 -
Rwork0.257 836 -
obs-882 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.84161.48-0.26675.029-0.78733.7299-0.0475-0.210.0690.06770.364-0.2343-0.1722-0.0651-0.31650.06530.01680.08910.0367-0.1892-0.0933-14.61995.93544.338
23.05810.63582.20633.4176-0.75975.2962-0.42220.16690.296-0.44950.65120.2544-0.5293-0.0264-0.2290.0666-0.04090.1350.0403-0.0471-0.151-21.497101.49633.659
30.65860.63330.58231.46741.43191.40070.2570.2475-0.3114-0.79340.30780.08930.91410.1829-0.56490.4555-0.0897-0.09580.5260.09220.0045-26.52181.57926.446
40.31330.59990.61991.80061.95272.1260.13180.2926-0.4157-0.66920.40760.32650.43790.1679-0.53940.4062-0.1998-0.0730.3660.0856-0.0091-27.7785.23421.639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CC9 - 1049 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2CC113 - 268113 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3AA2 - 232 - 23
4X-RAY DIFFRACTION4BB25 - 462 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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