PDB-2nqa: Catalytic Domain of Human Calpain 8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nqa

タイトル

Catalytic Domain of Human Calpain 8

要素

Calpain-8
Leupeptin Inhibitor

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CALPAIN / CALCIUM-DEPENDENT CYTOPLASMIC CYSTEINE PROTEINASES / PAPAIN-LIKE / EF-HAND / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

calpain-2 / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / perinuclear endoplasmic reticulum / myoblast fusion / regulation of interleukin-6 production / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / positive regulation of myoblast fusion / cortical actin cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Actinomycetes Streptomyces roseus MA 839-A1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Davis, T.L. / Paramanathan, R. / Butler-Cole, C. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human Calpain 8
著者: Davis, T.L. / Paramanathan, R. / Butler-Cole, C. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2006年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.3	2013年2月27日	Group: Other
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name
改定 1.6	2023年8月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.7	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.8	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nqa.cif.gz	151.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nqa.ent.gz	116.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2nqa_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nqa_full_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示
XML形式データ	2nqa_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	2nqa_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/2nqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/2nqa	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2aryS 1tl9 1ziv S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6b3a-d 5k6m-d 5jhh-1 6b3b-d 1ji6-d 1xcg-1 5k6l-d 4ry8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Calpain-8

B: Calpain-8

D: Leupeptin Inhibitor

E: Leupeptin Inhibitor

ヘテロ分子

74.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.794, 91.794, 194.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	Calpain-8 / E.C.3.4.22.52 / New calpain 2 / nCL-2 / Stomach-specific M-type calpain 分子量: 36680.020 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 23-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPN8, NCL2 / プラスミド: PET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6NHC0, UniProt: P17655*PLUS, calpain-2
#2: タンパク質・ペプチド	Leupeptin Inhibitor タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 429.578 Da / 分子数: 2 / 断片: Leupeptin Inhibitor / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Commercially available from Sigma L2884 由来: (合成) Actinomycetes Streptomyces roseus MA 839-A1 (バクテリア) 参照: LEUPEPTIN
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	THE LEUPEPTIN IS COVALENTLY CONNECTED TO ACTIVE_SITE CYS 105 OF THE ENZYME TO FORM A HEMITHIOACETAL.
Has protein modification	Y
配列の詳細	ELECTRON DENSITY SHOWS CLEARLY TYR AT THIS POSITION 225. THERE IS A DISCREPANCY IN THE NORINE AND ...ELECTRON DENSITY SHOWS CLEARLY TYR AT THIS POSITION 225. THERE IS A DISCREPANCY IN THE NORINE AND PDB NUMBERING, AS NORINE COUNTS ACE AND LEU TOGETHER AS ONE RESIDUE. SO THE DBREF WILL REPORT 4 PDB RESIDUES MATCHING NORINE 3 RESIDUE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2M NH4PO4, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月4日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.7 % / Av σ(I) over netI: 7.1 / 数: 214956 / R_merge(I) obs: 0.119 / Χ²: 1.08 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 45317 / % possible obs: 96.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.74	50	90.8	1	0.055	0.751	5
3.76	4.74	93.3	1	0.057	0.81	4.9
3.29	3.76	95.1	1	0.078	0.909	4.8
2.99	3.29	96.5	1	0.131	1.071	4.8
2.77	2.99	97	1	0.204	1.13	4.7
2.61	2.77	97.4	1	0.3	1.2	4.7
2.48	2.61	97.9	1	0.396	1.233	4.7
2.37	2.48	98.2	1	0.521	1.244	4.6
2.28	2.37	98.4	1	0.667	1.225	4.6
2.2	2.28	98.6	1	0.812	1.246	4.5

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 47063 / Num. obs: 45317 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 37.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.812 / % possible all: 98.6

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	38.94 Å
Translation	2.5 Å	38.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ARY

2ary

解像度: 2.2→38.954 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.221
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2678	2229	5.09 %	RANDOM
R_work	0.2048	-	-	-
all	0.2048	-	-	-
obs	0.2048	43796	93.282 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.801 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.005 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5073	0	5	308	5386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	5207
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.951	7049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.066	3	8630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	23.819	5.309	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.932	24.595	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.694	15	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.809	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	3486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.085	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.298	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.247	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.246	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.711	1.5	3323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.137	1.5	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.104	2	5025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.528	2	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.548	3	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.507	3	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.309	4.5	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.124	4.5	4419

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.395	165	0.289	3000	3465	91.342
2.257-2.319	0.321	155	0.268	2928	3354	91.92
2.319-2.386	0.311	164	0.258	2882	3284	92.753
2.386-2.459	0.337	155	0.25	2833	3194	93.55
2.459-2.539	0.348	147	0.24	2760	3091	94.047
2.539-2.628	0.301	133	0.239	2698	2994	94.556
2.628-2.727	0.304	135	0.231	2592	2874	94.885
2.727-2.837	0.289	142	0.224	2473	2751	95.056
2.837-2.963	0.292	130	0.214	2431	2689	95.24
2.963-3.107	0.286	114	0.214	2299	2529	95.413
3.107-3.274	0.282	113	0.202	2203	2436	95.074
3.274-3.471	0.255	105	0.195	2050	2274	94.767
3.471-3.708	0.237	110	0.182	1928	2176	93.658
3.708-4.002	0.223	82	0.174	1802	2004	94.012
4.002-4.38	0.199	82	0.155	1619	1855	91.698
4.38-4.889	0.203	78	0.159	1447	1667	91.482
4.889-5.63	0.25	70	0.178	1291	1480	91.959
5.63-6.86	0.257	64	0.217	1086	1263	91.053
6.86-9.554	0.261	63	0.2	807	985	88.325
9.554-38.954	0.276	22	0.227	438	585	78.632

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0215	0.6865	0.6269	1.8316	0.1856	1.7357	0.0114	0.0381	-0.0162	-0.0149	-0.0394	0.1432	-0.0447	-0.162	0.0279	0.1739	-0.0052	0.0043	0.1601	0.0179	0.1463	42.3966	0.7642	14.8416
2	0.6713	0.5723	0.1102	1.124	0.0882	0.8517	-0.0509	0.0674	-0.4179	-0.0532	0.0212	-0.2012	0.4005	0.1973	0.0296	0.1342	0.0032	-0.0039	0.1444	0.0058	0.1319	43.2965	11.1344	0.0415
3	1.6236	0.3908	0.1198	1.1605	-0.0958	0.9771	0.0046	0.0404	-0.1201	-0.0321	-0.0054	0.0938	0.1029	-0.0923	0.0007	0.1181	0.0061	0.0025	0.1029	0.002	0.0905	42.2835	8.1718	9.4642
4	0.3774	0.0354	0.0019	0.5948	0.0236	0.9348	0.0029	-0.1007	0.0795	0.074	0.0052	-0.0859	-0.0587	0.1064	-0.008	0.1413	-0.0075	-0.0044	0.1351	0.0001	0.1461	44.8459	30.3579	-0.0397
5	0.9823	0.1914	-0.1295	1.1625	-0.0684	1.815	-0.0054	0.1801	0.0451	-0.1552	0.0068	-0.0157	-0.0282	0.0296	-0.0015	0.0998	0.0078	0.0039	0.0987	-0.0037	0.1243	35.7031	28.7853	-11.1148
6	1.4757	-0.1772	0.0981	1.6353	0.9469	1.9195	0.0229	-0.1497	-0.1133	0.1654	-0.044	-0.0145	0.0605	-0.0113	0.0211	0.1249	0.0059	-0.0058	0.2032	-0.0084	0.1836	39.3339	40.0346	26.6277
7	1.13	-0.1609	0.0261	1.0612	0.6392	1.4363	0.0616	0.0163	0.4284	-0.0332	-0.0098	0.0532	-0.4519	-0.0921	-0.0517	0.1391	-0.0009	-0.0035	0.1515	0.009	0.1456	57.1329	38.1815	27.7944
8	1.1295	-0.0497	-0.1625	0.9443	0.0616	1.7262	0.0033	-0.1163	0.072	0.1258	-0.0029	0.0093	-0.0956	-0.0397	-0.0003	0.086	0.0003	-0.004	0.0949	-0.0005	0.1141	47.9095	36.7669	26.5312
9	0.9222	0.186	0.1487	0.6522	0.0999	0.3895	-0.02	0.1268	-0.0414	-0.1372	0.0184	0.0314	0.0729	-0.0578	0.0016	0.1502	0.0066	0.0031	0.1467	-0.0086	0.1378	64.8807	20.7408	19.7573
10	2.0599	0.2895	0.0332	1.0396	0.2063	0.9756	0.0008	-0.0119	0.0386	0.0219	-0.0014	-0.1608	-0.0423	0.1863	0.0007	0.1377	0.0052	0.005	0.1058	0.0075	0.1173	73.663	22.5509	31.1351

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	23 - 60	3 - 40
2	2	A	A	70 - 112	50 - 92
3	3	A	A	113 - 177	93 - 157
4	4	A	A	178 - 239	158 - 219
5	5	A	A	240 - 323	220 - 303
6	6	B	B	23 - 66	3 - 46
7	7	B	B	68 - 112	48 - 92
8	8	B	B	113 - 177	93 - 157
9	9	B	B	178 - 239	158 - 219
10	10	B	B	240 - 323	220 - 303

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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