PDB-2npv: Structure and dynamics of surfactin studied by NMR in micellar media

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2npv

タイトル

Structure and dynamics of surfactin studied by NMR in micellar media

要素

ELLVDLL

キーワード

SURFACE ACTIVE PROTEIN / biosurfactant / cyclic lipopeptide / surfactin / SDS micelles

機能・相同性

SURFACTIN nC15 / (R)-3-HYDROXYTETRADECANAL

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Tsan, P. / Volpon, L. / Lancelin, J.M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Structure and dynamics of surfactin studied by NMR in micellar media
著者: Tsan, P. / Volpon, L. / Besson, F. / Lancelin, J.M.

履歴

登録	2006年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年8月12日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / pdbx_molecule_features / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2npv.cif.gz	71 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2npv.ent.gz	48.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2npv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2npv_validation.pdf.gz	349.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2npv_full_validation.pdf.gz	385.5 KB	表示
XML形式データ	2npv_validation.xml.gz	4.7 KB	表示
CIF形式データ	2npv_validation.cif.gz	6.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1egs-d 2ih0-d 1uao-d 2jta-d 1etn-d 1n0c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ELLVDLL

ヘテロ分子

1.04 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	24 / 50	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	ELLVDLL 分子量: 813.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: This peptide that contained amino acids with configuration d was purified from bacteria. For such peptides, the bacteria are using multienzymatic systems that racemize amino acid and catalyze ...詳細: This peptide that contained amino acids with configuration d was purified from bacteria. For such peptides, the bacteria are using multienzymatic systems that racemize amino acid and catalyze the formation of peptidic bond, as for the synthesis of peptidoglycans for example. 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌)
#2: 化合物	ChemComp-BFC / (R)-3-HYDROXYTETRADECANAL タイプ: Lipopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂ / 参照: SURFACTIN nC15

#1: タンパク質・ペプチド

ELLVDLL

分子量: 813.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: This peptide that contained amino acids with configuration d was purified from bacteria. For such peptides, the bacteria are using multienzymatic systems that racemize amino acid and catalyze ...
由来: (天然)

Bacillus subtilis (枯草菌)

#2: 化合物

ChemComp-BFC / (R)-3-HYDROXYTETRADECANAL

タイプ: Lipopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂ / 参照: SURFACTIN nC15

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細	内容: 4mM surfactin in 90% H2O, 10% D2O (pH 5.1); 50mM SDS-d25 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 5.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851		解析
CHARMM	22		精密化
Gifa	4	Marc-Andre Delsuc	データ解析
MOLMOL			データ解析

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 49 restraints, 47 are NOE-derived distance constraints and 2 are dihedral angle restraints

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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