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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2np5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a transcriptional regulator (RHA1_ro04179) from Rhodococcus sp. Rha1. | ||||||
![]() | Transcriptional regulator | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / tetR family / transcriptional regulator / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a transcriptional regulator (RHA1_ro04179) from Rhodococcus sp. Rha1. 著者: Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 793.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 807.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | dimer, chains A & C form the first dimer chains B & D form the second dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21828.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 詳細: 0.2M Ca Chloride, 0.1M HEPES pH 7.4, 20% PEG3350, 0.3M NDSB195, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月11日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 63744 / Num. obs: 61651 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3019 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 94.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. BOTH REFMAC 5.2.0005 AND COOT WERE USED FOR REFINEMENT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.106 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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