ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB CNS1.1 精密化 Show PDB_EXTRACT2 データ抽出 Show ADSCQUANTUMデータ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry: 1IHF解像度 : 3.02→28.33 Å / Rfactor Rfree error : 0.013 / Data cutoff high absF : 71827.48 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.276 454 5.4 % RANDOM Rwork 0.235 - - - obs 0.235 8334 78.5 % - all - 8334 - -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 26.3307 Å2 / ksol : 0.328193 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 45 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -2.63 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -4.13 Å2 0 Å2 3- - - 6.76 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.53 Å 0.42 Å Luzzati d res low - 50 Å Luzzati sigma a 0.38 Å 0.33 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 3.02→28.33 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1686 1436 0 32 3154
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.007 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.4 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d22.1 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.33 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it2.64 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it4.21 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it3.13 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it4.33 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 3.02→3.19 Å / Rfactor Rfree error : 0.045 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.395 76 7 % Rwork 0.351 1007 - obs - - 62.8 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION 2 dna-rna_rep.param X-RAY DIFFRACTION 3 water_rep.param