[日本語] English
万見
- PDB-2nov: Breakage-reunion domain of S.pneumoniae topo IV: crystal structur... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nov
タイトルBreakage-reunion domain of S.pneumoniae topo IV: crystal structure of a gram-positive quinolone target
要素DNA topoisomerase 4 subunit A
キーワードISOMERASE / protein / ParC / topo IV / gram-positive bacteria / quinolone target / DNA binding / DNA cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Sohi, M.K. / Pan, X.S. / Achari, A. / Yang, C. / Ferrara, J.D. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2007
タイトル: Breakage-Reunion Domain of Streptococcus pneumoniae Topoisomerase IV: Crystal Structure of a Gram-Positive Quinolone Target.
著者: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Sohi, M.K. / Pan, X.S. / Achari, A. / Yang, C. / Ferrara, J.D. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 2005
タイトル: The Structure of the ParC Subunit of Topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae
著者: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Sohi, M.K. / Pan, X.S. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2006年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase 4 subunit A
C: DNA topoisomerase 4 subunit A
D: DNA topoisomerase 4 subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,8224
ポリマ－225,8224
非ポリマー00
水43224
1
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase 4 subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9112
ポリマ－112,9112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area40740 Å2
手法PISA
2
C: DNA topoisomerase 4 subunit A
D: DNA topoisomerase 4 subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9112
ポリマ－112,9112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area42120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.920, 137.850, 326.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological assembly is a dimer generated by a) A and B chains b) C and D chains (two biological dimers in the asymmetric unit)

-
要素

#1: タンパク質
DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 56455.434 Da / 分子数: 4 / 断片: 55-kDa N-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: 7785 / 遺伝子: parC / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P72525, UniProt: Q3HYJ3*PLUS, EC: 5.99.1.-
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The purified ParC55 protein was dialyzed against 20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 200 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM beta-mercaptoethanol, 0.05% NaN3 then concentrated to 3-4 mg/ml. Hanging drops were ...詳細: The purified ParC55 protein was dialyzed against 20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 200 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM beta-mercaptoethanol, 0.05% NaN3 then concentrated to 3-4 mg/ml. Hanging drops were formed by mixing equal volumes of protein and crystallization solutions (100 mM Tris-HCl, pH 5.5, 200 mM NaCl, 1 mM beta-mercaptoethanol, 0.05% NaN3 and 10% of 1:1 ethanol-isopropanol as precipitant). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.91694 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: two cylindrical parabolic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91694 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: k,-h,l / Fraction: 0.323
反射最高解像度: 2.67 Å / Num. obs: 85197 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.093

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AB4

1ab4


解像度: 2.67→500 Å
詳細: Refinement was performed using twinning operator (k,-h,l) and twinning fraction of 0.323
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2758 8219 9.4 %RANDOM
Rwork0.2235 ---
obs-85197 97.2 %-
溶媒の処理Bsol: 13.223 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 64.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.871 Å20 Å20 Å2
2---6.113 Å20 Å2
3---13.983 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.73 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13620 0 0 24 13644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1631.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.3372
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.2242.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る