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- PDB-2nok: Crystal Structure of an RNA domain from Hepatitis C virus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nok
タイトルCrystal Structure of an RNA domain from Hepatitis C virus.
要素
  • 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*GP*G)-3'
キーワードRNA / Mg binding site / bent RNA
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dibrov, S.M. / Johnston-Cos, H. / Weng, Y.H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2007
タイトル: Functional architecture of HCV IRES domain II stabilized by divalent metal ions in the crystal and in solution.
著者: Dibrov, S.M. / Johnston-Cox, H. / Weng, Y.H. / Hermann, T.
履歴
登録2006年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*GP*G)-3'
C: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,57217
ポリマ－28,1034
非ポリマー46913
水00
1
A: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2839
ポリマ－14,0512
非ポリマー2317
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2898
ポリマ－14,0512
非ポリマー2386
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.098, 65.351, 92.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological molecule consists of chains A and B, as well as C and D.

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量: 7644.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this RNA naturally exists in Hepatitis C virus.
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*GP*G)-3'


分子量: 6406.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this RNA naturally exists in Hepatitis C virus.
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20mM MgSO4, 100mM KCl, 30mM MnCl2, 2-6% MPD over 40mM MgSO4, 200mM KCl and 40-50% MPD., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgSO411
2KCl11
3MnCl211
4MPD11
5MgSO411
6H2O11
7MgSO412
8KCl12
9MnCl212
10MgSO412

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 7158 / Observed criterion σ(F): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 20.339 / SU ML: 0.383 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.479 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30167 347 4.6 %RANDOM
Rwork0.25722 ---
obs0.25932 7156 94.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.35 Å20 Å20 Å2
2--4.21 Å20 Å2
3----9.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1856 13 0 1869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0212068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.83333216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3470.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26532915
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1384.53216
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.081 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.498 21 -
Rwork0.315 361 -
obs--67.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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