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万見
- PDB-2no3: Novel 4-anilinopyrimidines as potent JNK1 Inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2no3
タイトルNovel 4-anilinopyrimidines as potent JNK1 Inhibitors
要素
  • C-JUN-AMINO-TERMINAL KINASE-INTERACTING protein 1
  • Mitogen-activated protein kinase 8
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / JNK1 / C-JUN N-TERMINAL KINASE / JNK1 INHIBITORS / ANILINOPYRIMIDINES JNK1 INHIBITORS / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell killing / JUN phosphorylation / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / Activation of BIM and translocation to mitochondria / JUN kinase activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity ...positive regulation of cell killing / JUN phosphorylation / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / Activation of BIM and translocation to mitochondria / JUN kinase activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / NRAGE signals death through JNK / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / response to UV / stress-activated MAPK cascade / response to mechanical stimulus / protein serine/threonine kinase binding / energy homeostasis / JNK cascade / cellular response to cadmium ion / positive regulation of protein metabolic process / NRIF signals cell death from the nucleus / cellular response to amino acid starvation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / negative regulation of protein binding / FCERI mediated MAPK activation / peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of circadian rhythm / histone deacetylase binding / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to mechanical stimulus / regulation of protein localization / cellular senescence / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / rhythmic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cellular response to oxidative stress / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to oxidative stress / positive regulation of apoptotic process / axon / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-859 / Mitogen-activated protein kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Abad-Zapatero, C.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Discovery of a new class of 4-anilinopyrimidines as potent c-Jun N-terminal kinase inhibitors: Synthesis and SAR studies.
著者: Liu, M. / Wang, S. / Clampit, J.E. / Gum, R.J. / Haasch, D.L. / Rondinone, C.M. / Trevillyan, J.M. / Abad-Zapatero, C. / Fry, E.H. / Sham, H.L. / Liu, G.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: Synthesis and SAR of 1,9-dihydro-9-hydroxypyrazolo[3,4-b]quinolin-4-ones as novel, selective c-Jun N-terminal kinase inhibitors.
著者: Liu, M. / Xin, Z. / Clampit, J.E. / Wang, S. / Gum, R.J. / Haasch, D.L. / Trevillyan, J.M. / Abad-Zapatero, C. / Fry, E.H. / Sham, H.L.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Selective aminopyridine-based C-Jun N-terminal kinase inhibitors with cellular activiy
著者: Szczepankiewicz, B.G. / Kosogof, C. / Nelson, L.T.J. / Liu, G. / Zhao, H. / Serby, M.D. / Xin, Z. / Liu, B. / Gum, R.J. / Haasch, D.
#3: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Discovery of Potent, Highly Selective and orally bioavailable Pyridine Carboxamide C-jun NH2-terminal kinase inhibitors
著者: Zhao, H. / Serby, M.D. / Xin, Z. / Szczepankiewicz, B.G. / Liu, M. / Kosogof, C. / Liu, B. / Gum, R.J. / Clampit, J.E. / Haasch, D.L.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE NATIVE, UNMUTATED SEQUENCE IS THE SAME AS THE P45983-2 ISOFORM. THE INTRODUCED ...SEQUENCE THE NATIVE, UNMUTATED SEQUENCE IS THE SAME AS THE P45983-2 ISOFORM. THE INTRODUCED MUTATIONS (THR183>GLU, TYR185>GLU) ARE INTENDED TO MIMIC THE ACTIVATED FORM OF THE KINASE UPON PHOSPHORYLATION OF THOSE TWO RESIDUES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
F: C-JUN-AMINO-TERMINAL KINASE-INTERACTING protein 1
B: Mitogen-activated protein kinase 8
G: C-JUN-AMINO-TERMINAL KINASE-INTERACTING protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,55710
ポリマ－88,5304
非ポリマー1,0276
水00
1
A: Mitogen-activated protein kinase 8
F: C-JUN-AMINO-TERMINAL KINASE-INTERACTING protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7795
ポリマ－44,2652
非ポリマー5133
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 8
G: C-JUN-AMINO-TERMINAL KINASE-INTERACTING protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7795
ポリマ－44,2652
非ポリマー5133
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area32630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.201, 157.201, 123.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1 / JNK-46


分子量: 42919.559 Da / 分子数: 2 / 断片: JNK1 residues 1-364 / 変異: T183E, Y183E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8, JNK1, PRKM8 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45983, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド C-JUN-AMINO-TERMINAL KINASE-INTERACTING protein 1 / JNK-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / ...JNK-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1


分子量: 1345.612 Da / 分子数: 2 / 断片: PEPJIP1 PEPTIDE / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The sequence is found naturally in homo sapiens
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-859 / 2-({2-[(3-HYDROXYPHENYL)AMINO]PYRIMIDIN-4-YL}AMINO)BENZAMIDE


分子量: 321.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N5O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: PROTEIN WAS PREINCUBATED WITH THE JIP1 PEPTIDE AT A 5X MOLAR EXCESS. PROTEIN CONCENTRATION 9- 12.6 MG/ML. HANGING DROPS CONSISTED OF 2UL PROTEIN PLUS 2 UL WELL SOLUTION. WELL SOLUTION:2.8-3.1 ...詳細: PROTEIN WAS PREINCUBATED WITH THE JIP1 PEPTIDE AT A 5X MOLAR EXCESS. PROTEIN CONCENTRATION 9- 12.6 MG/ML. HANGING DROPS CONSISTED OF 2UL PROTEIN PLUS 2 UL WELL SOLUTION. WELL SOLUTION:2.8-3.1 M AMMONIUM SULFATE, 10- 14% GLYCEROL. FOR CO-CRYSTALLIZATION EXPERIMENT WITH THE COMPOUND, THE COMPOUND WAS DISSOLVED IN DMSO AT 100 MM CONCENTRATION. ALLOW TO INCUBATE FOR AT LEAST AN HOUR ON ICE. SOLUTION WAS SPUN FOR 5 MINUTES AT 2000G PRIOR TO SETTING UP FOR CRYSTALLIZATION., pH 6.20, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月6日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 28588 / Num. obs: 27814 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2866 / Rsym value: 0.812 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: entry 2h96

2h96


解像度: 3.2→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 162862.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 2180 9.9 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.2332 ---
obs0.2332 22039 75.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.1807 Å2 / ksol: 0.224291 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.93 Å222.73 Å20 Å2
2--7.93 Å20 Å2
3----15.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.35 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5897 0 68 0 5965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 153 11.6 %
Rwork0.278 1163 -
obs-1564 45.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1ACCELRYS_CNX_TOPPAR:protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2gcr.pargcr.top
X-RAY DIFFRACTION3ACCELRYS_CNX_TOPPAR:ion.paramACCELRYS_CNX_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4859.par859.top
X-RAY DIFFRACTION5so4.parso4.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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