PDB-2nnz: Solution structure of the hypothetical protein AF2241 from Archae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nnz

タイトル

Solution structure of the hypothetical protein AF2241 from Archaeoglobus fulgidus

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta-barrel / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP

機能・相同性

TM1367-like / Cyclophilin TM1367-like domain / Cyclophilin-like / Cyclophilin - #20 / Cyclophilin / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta / Cyclophil_like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Ai, X. / Semesib, A. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Li, S.S.C. / Choy, W.Y. / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2007
タイトル: Hypothetical protein AF2241 from Archaeoglobus fulgidus adopts a cyclophilin-like fold.
著者: Ai, X. / Li, L. / Semesi, A. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Li, S.S. / Choy, W.Y.

履歴

登録	2006年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nnz.cif.gz	791.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nnz.ent.gz	657 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nnz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nnz_validation.pdf.gz	541.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nnz_full_validation.pdf.gz	773.1 KB	表示
XML形式データ	2nnz_validation.xml.gz	76.5 KB	表示
CIF形式データ	2nnz_validation.cif.gz	95.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/2nnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/2nnz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5if6-6 4uxm-d 5o9k-1 4chd-d 4xs5-3 2k7i-d 3w8j-1 6s2s-d 3cxk-2 2yxb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 7271Backbone and side chain 1H, 13C, and 15N resonance assignments of AF2241 from Archaeoglobus fulgidus

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein

17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 17135.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF2241 / プラスミド: pMgk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(Gold DE3) / 参照: UniProt: O28042

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using standard 3D heteronuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: 0.3mM AF2241 U-15N,13C, 10mM MOPS buffer, 450mM NaCl, 10uM Zn2+, 10mM DTT, 1mM benzamidine, 1x inhibitor mixture, 0.01% NaN3, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 450 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	Brunger, A.T. et al.	構造決定
CNS	1.1	Brunger, A.T. et al.	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1463 restraints, 1313 are NOE-derived distance constraints and 150 are dihedral angle restraints

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)