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万見
- PDB-2nnj: CYP2C8dH complexed with felodipine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nnj
タイトルCYP2C8dH complexed with felodipine
要素Cytochrome P450 2C8
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / CYP2C8 / Human P450 2C8 / monooxygenases / Felodipine / Plendil / inhibitor complex / palmitic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid metabolic process / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / icosanoid biosynthetic process / epoxygenase P450 pathway / retinoic acid 4-hydroxylase activity / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity ...organic acid metabolic process / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / icosanoid biosynthetic process / epoxygenase P450 pathway / retinoic acid 4-hydroxylase activity / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / Biosynthesis of maresin-like SPMs / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / oxidative demethylation / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FELODIPINE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PALMITIC ACID / Cytochrome P450 2C8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Schoch, G.A. / Yano, J.K. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Determinants of cytochrome P450 2C8 substrate binding: structures of complexes with montelukast, troglitazone, felodipine, and 9-cis-retinoic acid.
著者: Schoch, G.A. / Yano, J.K. / Sansen, S. / Dansette, P.M. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2C8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6007
ポリマ－54,0541
非ポリマー1,5456
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.410, 139.220, 163.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2C8 / E.C.1.14.14.1 / CYPIIC8 / P450 form 1 / P450 MP-12/MP-20 / P450 IIC2 / S-mephenytoin 4-hydroxylase


分子量: 54054.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2C8 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10632, unspecific monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 185分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-225 / FELODIPINE / ethyl methyl (4R)-4-(2,3-dichlorophenyl)-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate / (R)-フェロジピン


分子量: 384.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19Cl2NO4 / コメント: 薬剤, チャネルブロッカー*YM
#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.53 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, HEPES, LiSO4, MeOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
詳細: Double-crystal monochromator, 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focussing
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. all: 38962 / Num. obs: 38962 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.28→2.35 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PQ2

1pq2


解像度: 2.28→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 36898 -random
Rwork0.24 ---
all-38962 --
obs-38962 99.45 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3693 0 101 179 3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2272.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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