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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nlg | ||||||
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タイトル | Human beta-defensin-1 (Mutant Lys22Glu) | ||||||
![]() | Beta-defensin 1 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial / chemotactic / defensin / mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / microvesicle / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / Defensins / : / sperm midpiece / cAMP-mediated signaling / innate immune response in mucosa / response to bacterium ...positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / microvesicle / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / Defensins / : / sperm midpiece / cAMP-mediated signaling / innate immune response in mucosa / response to bacterium / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lubkowski, J. / Pazgier, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Studies of the Biological Properties of Human beta-Defensin 1. 著者: Pazgier, M. / Prahl, A. / Hoover, D.M. / Lubkowski, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Biological assembly is a monomer |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3940.532 Da / 分子数: 4 / 断片: human beta-defensin 1, residues 33-68 / 変異: K22E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月12日 / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 14844 / Num. obs: 14844 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1387 / Χ2: 1.089 / % possible all: 87.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1IJV 解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.014 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.645→1.688 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | Origin x: 13.5568 Å / Origin y: 16.5533 Å / Origin z: 12.107 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |