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万見
- PDB-2ndj: Structural Basis for KCNE3 and Estrogen Modulation of the KCNQ1 C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ndj
タイトルStructural Basis for KCNE3 and Estrogen Modulation of the KCNQ1 Channel
要素Potassium voltage-gated channel subfamily E member 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Estrogen / Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of potassium ion export across plasma membrane / basolateral part of cell / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / Phase 3 - rapid repolarisation / membrane repolarization during action potential / Phase 2 - plateau phase / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / potassium ion export across plasma membrane ...negative regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of potassium ion export across plasma membrane / basolateral part of cell / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / Phase 3 - rapid repolarisation / membrane repolarization during action potential / Phase 2 - plateau phase / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / potassium ion export across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / delayed rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / sodium ion transport / neuronal cell body membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / potassium channel regulator activity / perikaryon / vesicle / transmembrane transporter binding / membrane raft / dendrite / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNE3 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNE / Slow voltage-gated potassium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily E member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model3
データ登録者Sanders, C.R. / Van Horn, W.D. / Kroncke, B.M. / Sisco, N.J. / Meiler, J. / Vanoye, C.G. / Song, Y. / Nannemann, D.P. / Welch, R.C. / Kang, C. ...Sanders, C.R. / Van Horn, W.D. / Kroncke, B.M. / Sisco, N.J. / Meiler, J. / Vanoye, C.G. / Song, Y. / Nannemann, D.P. / Welch, R.C. / Kang, C. / Smith, J. / George, A.L.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016
タイトル: Structural basis for KCNE3 modulation of potassium recycling in epithelia.
著者: Kroncke, B.M. / Van Horn, W.D. / Smith, J. / Kang, C. / Welch, R.C. / Song, Y. / Nannemann, D.P. / Taylor, K.C. / Sisco, N.J. / George, A.L. / Meiler, J. / Vanoye, C.G. / Sanders, C.R.
履歴
登録2016年6月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium voltage-gated channel subfamily E member 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8001
ポリマ－12,8001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 9764structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily E member 3 / MinK-related peptide 2 / Minimum potassium ion channel-related peptide 2 / Potassium channel ...MinK-related peptide 2 / Minimum potassium ion channel-related peptide 2 / Potassium channel subunit beta MiRP2


分子量: 12799.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNE3, MiRP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) RP Codon Plus / 参照: UniProt: Q9Y6H6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCO
1713D HCACO
1812D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: entity-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]
試料状態pH: 6.5 / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
X-PLORSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
X-PLORSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 189 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 79 / NOE sequential total count: 110 / Protein phi angle constraints total count: 98 / Protein psi angle constraints total count: 98
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 9764 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum torsion angle constraint violation: 5.544 ° / Torsion angle constraint violation method: Xplor-NIH, Amber

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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