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万見
- PDB-2nco: NMR solution structure for the C-terminal domain of Tetrahymena T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nco
タイトルNMR solution structure for the C-terminal domain of Tetrahymena Tcb2 in the absence of calcium
要素25 kDa calcium-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calcium binding protein / EF hand / contractility / helical packing / cytoskeleton / TCB25
機能・相同性
機能・相同性情報


cell projection organization / regulation of cytosolic calcium ion concentration / neuron projection / calcium ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
25 kDa calcium-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Fowler, A. / Kilpatrick, A.M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Solution NMR structures of the C-domain of Tetrahymena cytoskeletal protein Tcb2 reveal distinct calcium-induced structural rearrangements.
著者: Kilpatrick, A.M. / Honts, J.E. / Sleister, H.M. / Fowler, C.A.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2016
タイトル: Backbone and side-chain chemical shift assignments for the C-terminal domain of Tcb2, a cytoskeletal calcium-binding protein from Tetrahymena thermophila.
著者: Kilpatrick, A.M. / Gurrola, T.E. / Sterner, R.C. / Sleister, H.M. / Honts, J.E. / Fowler, C.A.
履歴
登録2016年4月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark ...database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 25 kDa calcium-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5781
ポリマ－11,5781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 25 kDa calcium-binding protein / TCBP-25 / 10 kDa calcium-binding protein / TCBP-10


分子量: 11578.022 Da / 分子数: 1 / 断片: EF-hands 3 and 4, residues 117-218 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P09226

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D C(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1722D 1H-13C HMQC
1823D (H)CCH-TOCSY
1923D 1H-13C NOESY
11033D 1H-15N NOESY
11142D 1H-1H COSY
11242D 1H-1H TOCSY
11342D 1H-1H NOESY
11422D (HB)CB(CGCD)HD
11522D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Tcb2-C, 25 mM TRIS, 50 mM potassium chloride, 5 mM magnesium chloride, 1 mM EGTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.75 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Tcb2-C, 25 mM TRIS, 50 mM potassium chloride, 5 mM magnesium chloride, 1 mM EGTA, 100% D2O100% D2O
30.75 mM [U-98% 15N] Tcb2-C, 25 mM TRIS, 50 mM potassium chloride, 5 mM magnesium chloride, 1 mM EGTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.75 mM Tcb2-C, 25 mM TRIS, 50 mM potassium chloride, 5 mM magnesium chloride, 1 mM EGTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.75 mMTcb2-C-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
25 mMTRIS-21
50 mMpotassium chloride-31
5 mMmagnesium chloride-41
1 mMEGTA-51
0.75 mMTcb2-C-6[U-98% 13C; U-98% 15N]2
25 mMTRIS-72
50 mMpotassium chloride-82
5 mMmagnesium chloride-92
1 mMEGTA-102
0.75 mMTcb2-C-11[U-98% 15N]3
25 mMTRIS-123
50 mMpotassium chloride-133
5 mMmagnesium chloride-143
1 mMEGTA-153
0.75 mMTcb2-C-164
25 mMTRIS-174
50 mMpotassium chloride-184
5 mMmagnesium chloride-194
1 mMEGTA-204
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
VnmrJVariancollection
AnalysisCCPNpeak picking
AnalysisCCPNデータ解析
AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1891 / NOE intraresidue total count: 471 / NOE long range total count: 613 / NOE medium range total count: 425 / NOE sequential total count: 382 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 96 / Protein psi angle constraints total count: 96
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 2.2 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.26 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0022 Å / Distance rms dev error: 0.0007 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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