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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nch
タイトルSolution structure of translation initiation factor IF1 from wolbachia endosymbiont strain TRS of Brugia malayi
要素Translation initiation factor IF-1
キーワードTRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / ribosome binding / rRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF-1 / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Wolbachia endosymbiont strain TRS of Brugia malayi (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kabra, A. / Nag, J. / Arora, A. / Bhattacharya, S.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of translation initiation factor IF1 from wolbachia endosymbiont strain TRS of Brugia malayi
著者: Kabra, A. / Nag, J. / Arora, A. / Bhattacharya, S.M.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor IF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9571
ポリマ－9,9571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor IF-1


分子量: 9956.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wolbachia endosymbiont strain TRS of Brugia malayi (バクテリア)
株: TRS / 遺伝子: infA, Wbm0191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5GT92

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCO
1323D CBCA(CO)NH
1423D HN(CA)CB
1523D HN(CA)CO
1632D 1H-13C HSQC aliphatic
1732D 1H-13C HSQC aromatic
1813D 1H-15N NOESY
1933D 1H-13C NOESY aliphatic
11033D 1H-13C NOESY aromatic
11113D 1H-15N TOCSY
11223D C(CO)NH
11323D H(CCO)NH
11433D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1.0 mM [U-100% 15N] IF1-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 0.1 % sodium azide-4, 2 mM PMSF-5, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IF1-6, 20 mM sodium phosphate-7, 50 mM sodium chloride-8, 0.1 % sodium azide-9, 2 mM PMSF-10, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IF1-11, 20 mM sodium phosphate-12, 50 mM sodium chloride-13, 0.1 % sodium azide-14, 2 mM PMSF-15, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMIF1-1[U-100% 15N]0.5-1.01
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
0.1 %sodium azide-41
2 mMPMSF-51
mMIF1-6[U-100% 13C; U-100% 15N]0.8-1.02
20 mMsodium phosphate-72
50 mMsodium chloride-82
0.1 %sodium azide-92
2 mMPMSF-102
1.0 mMIF1-11[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate-123
50 mMsodium chloride-133
0.1 %sodium azide-143
2 mMPMSF-153
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
PSVSBhattacharya and Montelione構造検証
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1475 / NOE intraresidue total count: 737 / NOE long range total count: 243 / NOE medium range total count: 83 / NOE sequential total count: 412 / Hydrogen bond constraints total count: 56
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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