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万見
- PDB-2nc2: Structure, Dynamics and functional Aspects of the antifungal prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nc2
タイトルStructure, Dynamics and functional Aspects of the antifungal protein sfPAFB
要素Antifungal protein
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / disulfide / short form / PAF / AFP / NFAP
機能・相同性Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region / Antifungal protein
機能・相同性情報
生物種Penicillium chrysogenum (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Batta, G. / Fizil, A. / Hajdu, D.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: New Antimicrobial Potential and Structural Properties of PAFB: A Cationic, Cysteine-Rich Protein from Penicillium chrysogenum Q176.
著者: Huber, A. / Hajdu, D. / Bratschun-Khan, D. / Gaspari, Z. / Varbanov, M. / Philippot, S. / Fizil, A. / Czajlik, A. / Kele, Z. / Sonderegger, C. / Galgoczy, L. / Bodor, A. / Marx, F. / Batta, G.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifungal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3161
ポリマ－6,3161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Antifungal protein


分子量: 6316.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium chrysogenum (菌類) / 株: Q176 / 遺伝子: afp, pafB / 発現宿主: Penicillium chrysogenum (菌類) / 株 (発現宿主): Q176 Delta-paf / 参照: UniProt: D0EXD3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: two residues shorter sequence at the N terminus if compared to "pgAFP" or "PAFB"
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D HN(CO)CA
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D HNHA
11013D HN(COCA)CB
11112D 1H-1H NOESY
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-15N TOCSY
11413D 1H-13C NOESY
11513D (H)CCH-COSY
11612D 1H-13C HSQC aliphatic
1171(HB)CB(CGCD)HD
11822D 1H-15N HSQC
11923D 1H-13C NOESY
12023D 1H-15N NOESY
12122D 1H-13C HSQC
12222D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.65 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM [U-100% 2H] acetic acid, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM protein, 20 mM [U-2H] acetic acid, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.65 mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMacetic acid-2[U-100% 2H]1
1 mMentity-32
20 mMacetic acid-4[U-2H]2
試料状態イオン強度: 7.5 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1; 3.0Bruker Biospincollection
TopSpin2.1; 3.0Bruker Biospin解析
CARA8.4Keller and Wuthrichpeak picking
CARA8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ATNOSHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichchemical shift assignment
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Bax精密化
CYANA精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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