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- PDB-2nbt: NEURONAL BUNGAROTOXIN, NMR, 10 STRUCTURES -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nbt
タイトルNEURONAL BUNGAROTOXIN, NMR, 10 STRUCTURES
要素NEURONAL BUNGAROTOXIN
キーワードTOXIN / VENOM / NEUROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-bungarotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法溶液NMR / HOMOLOGY MODELLING, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Oswald, R.E. / Sutcliffe, M.J. / Bamberger, M. / Loring, R.H. / Braswell, E. / Dobson, C.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Solution structure of neuronal bungarotoxin determined by two-dimensional NMR spectroscopy: calculation of tertiary structure using systematic homologous model building, dynamical ...タイトル: Solution structure of neuronal bungarotoxin determined by two-dimensional NMR spectroscopy: calculation of tertiary structure using systematic homologous model building, dynamical simulated annealing, and restrained molecular dynamics.
著者: Sutcliffe, M.J. / Dobson, C.M. / Oswald, R.E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Solution Structure of Neuronal Bungarotoxin Determined by Two-Dimensional NMR Spectroscopy: Sequence-Specific Assignments, Secondary Structure, and Dimer Formation
著者: Oswald, R.E. / Sutcliffe, M.J. / Bamberger, M. / Loring, R.H. / Braswell, E. / Dobson, C.M.
履歴
登録1997年10月29日処理サイト: BNL
置き換え1998年3月11日ID: 1NBT
改定 1.01998年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURONAL BUNGAROTOXIN
B: NEURONAL BUNGAROTOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5652
ポリマ－14,5652
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 14LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 NEURONAL BUNGAROTOXIN


分子量: 7282.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P01398
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121HOHAHA
131COSY
141RELAY
151DOUBLE RELAY

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試料調製

試料状態pH: 4.2 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AM 500BrukerAM 5005001
Nicolet AM 600NicoletAM 6006002
Nicolet HOME BUILT 500NicoletHOME BUILT 5006003

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
XPLOR構造決定
COMPOSER構造決定
精密化手法: HOMOLOGY MODELLING, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 14 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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