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万見
- PDB-2nbj: DNA-archeal MC1 protein complex structure by NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nbj
タイトルDNA-archeal MC1 protein complex structure by NMR
要素
  • Chromosomal protein MC1
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA-protein complex / bent DNA / archaea / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA protection / DNA binding
類似検索 - 分子機能
chromosomal protein mc1 / Chromosomal protein MC1 / Chromosomal protein MC1 / Chromosomal protein MC1 superfamily / Non-histone chromosomal protein MC1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Chromosomal protein MC1 / Chromosomal protein MC1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina thermophila CHTI-55 (古細菌)
手法溶液NMR
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Paquet, F. / Loth, K. / Landon, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: First 3D structure of an atypical protein-DNA complex
著者: Paquet, F. / Loth, K. / Landon, C.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosomal protein MC1
B: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8643
ポリマ－19,8643
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Chromosomal protein MC1


分子量: 10687.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina thermophila CHTI-55 (古細菌)
株: CHTI55 / 遺伝子: MSTHC_1630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3KRH5, UniProt: P12770*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量: 4508.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4668.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1213D 1H-15N NOESY
1322D 1H-15N HSQC
1422D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.18 mM [U-100% 15N] protein, 1.18 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] A1-A15 DNA, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.85 mM [U-100% 15N] protein, 0.85 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] A1-A15 DNA, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 10 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.18 mMentity_1-1[U-100% 15N]1
1.18 mMDNA-2[U-100% 13C; U-100% 15N] A1-A151
10 mMsodium phosphate-31
100 mMsodium chloride-41
1 mMEDTA-51
0.85 mMentity_1-6[U-100% 15N]2
0.85 mMDNA-7[U-100% 13C; U-100% 15N] A1-A152
10 mMsodium phosphate-82
100 mMsodium chloride-92
1 mMEDTA-102
10 mg/mLPf1 phage-112
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 299 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNMRCCPNpeak picking
CcpNMRCCPNデータ解析
HADDOCKAlexandre Bonvin構造決定
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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