PDB-2nbl: Peptide model of 4-stranded beta-arch

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nbl

タイトル

Peptide model of 4-stranded beta-arch

要素

Designed beta-arch

キーワード

DE NOVO PROTEIN

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model9

データ登録者

Kung, V.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A designed peptide model of early-stage amyloid structures
著者: Kung, V.

履歴

登録	2016年3月5日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nbl.cif.gz	107.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nbl.ent.gz	86.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nbl_validation.pdf.gz	375.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nbl_full_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示
XML形式データ	2nbl_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	2nbl_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/2nbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/2nbl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1v91-d 1ab1-d 1jxw-d 1crn-d 1ssz-d 5wia-1 6wqj-d 1jxy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 25982

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed beta-arch

3.48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Designed beta-arch 分子量: 3479.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

NMR実験の詳細

Text: Warnings about residues that 'are not properly linked' and 'missing atoms' occur where there are non-natural residues and reversals in the chain directions, and there are no real problems with these stretches.

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM protein, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: entity-1
試料状態	pH: 3.8 / 圧: ambient / 温度: 277 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.35	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH	2.35	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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