PDB-2nb6: NMR solution structure of PawS Derived Peptide 10 (PDP-10)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nb6

タイトル

NMR solution structure of PawS Derived Peptide 10 (PDP-10)

要素

Preproalbumin PawS1

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) / plant peptide

機能・相同性

Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Preproalbumin PawS1

機能・相同性情報

生物種

Galinsoga quadriradiata (ハキダメギク)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Franke, B.G. / Elliott, A.G. / Mylne, J.S. / Rosengren, K.J.

引用

ジャーナル: Amino Acids / 年: 2017
タイトル: Natural structural diversity within a conserved cyclic peptide scaffold.
著者: Elliott, A.G. / Franke, B. / Armstrong, D.A. / Craik, D.J. / Mylne, J.S. / Rosengren, K.J.

履歴

登録	2016年1月24日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nb6.cif.gz	97.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nb6.ent.gz	73.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/2nb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/2nb6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nb5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bx2-d 1pp5-d 2rsw-d 2nb7-d 6gik-d 6hng-d 1j4m-d 1dn3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25963

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Preproalbumin PawS1

1.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Preproalbumin PawS1 分子量: 1817.047 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 37-52 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase peptide synthesis. 由来: (合成) Galinsoga quadriradiata (ハキダメギク) 参照: UniProt: A0A023GYI2

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY
1	4	2	2D 1H-1H TOCSY
1	5	2	2D 1H-1H NOESY
1	6	2	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	3 mg/mL PawS Derived Peptide 10 (PDP-10), methanol (CD3OH)	methanol (CD3OH)
2	3 mg/mL PawS Derived Peptide 10 (PDP-10), methanol (CD3OD)	methanol (CD3OD)

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
3 mg/mL	PawS Derived Peptide 10 (PDP-10)-1	1
3 mg/mL	PawS Derived Peptide 10 (PDP-10)-2	2

試料状態

圧: ambient / 温度: 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	2	Bruker Biospin	collection
TopSpin	2	Bruker Biospin	解析
XEASY		Bartels et al.	データ解析
XEASY		Bartels et al.	peak picking
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 125 / NOE intraresidue total count: 18 / NOE long range total count: 15 / NOE medium range total count: 27 / NOE sequential total count: 65 / Protein chi angle constraints total count: 1 / Protein phi angle constraints total count: 8 / Protein psi angle constraints total count: 11

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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