PDB-2nar: Solution structure of AVR3a_60-147 from Phytophthora infestans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nar

タイトル

Solution structure of AVR3a_60-147 from Phytophthora infestans

要素

Effector protein Avr3a

キーワード

PROTEIN BINDING

機能・相同性

RXLR phytopathogen effector protein / RXLR phytopathogen effector protein, Avirulence activity / host cell endosome / extracellular region / RxLR effector protein Avr3a

機能・相同性情報

生物種

Phytophthora infestans (真核生物)

手法

溶液NMR / simulated annealing, energy minimization

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Matena, A. / Bayer, P. / Zhukov, I. / Stanek, J. / Kozminski, W. / van West, P. / Wawra, S.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2017
タイトル: The RxLR Motif of the Host Targeting Effector AVR3a ofPhytophthora infestansIs Cleaved before Secretion.
著者: Wawra, S. / Trusch, F. / Matena, A. / Apostolakis, K. / Linne, U. / Zhukov, I. / Stanek, J. / Kozminski, W. / Davidson, I. / Secombes, C.J. / Bayer, P. / van West, P.

履歴

登録	2016年1月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nar.cif.gz	367.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nar.ent.gz	312.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nar.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nar_validation.pdf.gz	409.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nar_full_validation.pdf.gz	477.9 KB	表示
XML形式データ	2nar_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	2nar_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/2nar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/2nar	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2f3v-d 2kym-d 5xhh-1 1unp-d 1jt8-d 4p2j-1 4yc1-2 2lko-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25944

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Effector protein Avr3a

11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Effector protein Avr3a / Effector protein Avr3a_KI 分子量: 11511.082 Da / 分子数: 1 / 変異: N7S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phytophthora infestans (真核生物) 遺伝子: Avr3a, PI35.0050, PI49.0530, putative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2DWQ7

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-1H COSY
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	2D 1H-1H NOESY
1	5	1	3D (H)CCH-COSY
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D HBHANH
1	8	1	3D HBHA(CO)NH
1	9	1	13C-NOESY-HSQC
1	10	1	15N-NOESY-HSQC
1	11	1	3D HNCO
1	12	1	4D HN(CO)CA
1	13	1	4D HN(CA)CO
1	14	1	4D HBHACBCANH

-
試料調製

詳細

内容: 50 mM Potassium phosphate, 10 % D2O, 90 % H2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
50 mM	Potassium phosphate-1	1
10 %	D2O-2	1
90 %	H2O-3	1
50 uM	DSS-4	1

試料状態

イオン強度: 0.05 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	1
Varian VNMRS	Varian	VNMRS	700	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
YASARA		KRIEGER E.	精密化

精密化

手法: simulated annealing, energy minimization / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 61 / Protein psi angle constraints total count: 61

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

Average torsion angle constraint violation: 2.43 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.14 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.34 Å

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.006 Å / Distance rms dev error: 0.0013 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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