PDB-2naj: Solution structure of K2 lobe of double-knot toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2naj

タイトル

Solution structure of K2 lobe of double-knot toxin

要素

Tau-theraphotoxin-Hs1a

キーワード

TOXIN (毒素) /

trpv1 (TRPV1) /

toxins (毒素) /

tarantula (オオツチグモ科) /

spider (クモ) / ICK / double-knot toxin / DkTx / K2

機能・相同性

ion channel regulator activity /

toxin activity /

lipid binding / extracellular region / Tau-theraphotoxin-Hs1a

機能・相同性情報

生物種

Haplopelma schmidti (クモ)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Bae, C. / Anselmi, C. / Kalia, J. / Jara-Oseguera, A. / Schwieters, C.D. / Krepkiy, D. / Lee, C.W. / Kim, E.H. / Kim, J.I. / Faraldo-Gomez, J.D. / Swartz, K.J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the mechanism of activation of the TRPV1 channel by a membrane-bound tarantula toxin
著者: Bae, C. / Anselmi, C. / Kalia, J. / Jara-Oseguera, A. / Schwieters, C.D. / Krepkiy, D. / Lee, C.W. / Kim, E.H. / Kim, J.I. / Faraldo-Gomez, J.D. / Swartz, K.J.

履歴

登録	2016年1月4日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2naj.cif.gz	188.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2naj.ent.gz	158.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2naj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/2naj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/2naj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n9zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wuz-d 1k18-d 1ico-d 2n7f-d 1lmr-d 2lg4-d 6atw-d 2fj4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25939

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tau-theraphotoxin-Hs1a

3.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Tau-theraphotoxin-Hs1a / Tau-TRTX-Hs1a / Double-knot toxin / DkTx 分子量: 3686.290 Da / 分子数: 1 / 断片: K2 domain, UNP residues 43-75 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Haplopelma schmidti (クモ) / 参照: UniProt: P0CH43

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM K2-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: K2-1
試料状態	pH: 4.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	geometry optimization
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化
CYANA		精密化

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 476 / NOE intraresidue total count: 180 / NOE long range total count: 118 / NOE medium range total count: 21 / NOE sequential total count: 129 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 6 / Protein psi angle constraints total count: 0

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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