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- PDB-2na2: DROSHA QUAD MUTANT DOUBLE-STRANDED RNA BINDING COMPETENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2na2
タイトルDROSHA QUAD MUTANT DOUBLE-STRANDED RNA BINDING COMPETENT
要素Ribonuclease 3
キーワードNUCLEAR PROTEIN/RNA BINDING PROTEIN / Drosha / HYDROLASE / NUCLEAR PROTEIN-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of miRNA metabolic process / DEAD/H-box RNA helicase binding / primary miRNA binding / regulation of regulatory T cell differentiation / ribonuclease III / miRNA metabolic process / primary miRNA processing / ribonuclease III activity / microprocessor complex / pre-miRNA processing ...regulation of miRNA metabolic process / DEAD/H-box RNA helicase binding / primary miRNA binding / regulation of regulatory T cell differentiation / ribonuclease III / miRNA metabolic process / primary miRNA processing / ribonuclease III activity / microprocessor complex / pre-miRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / SMAD binding / R-SMAD binding / lipopolysaccharide binding / rRNA processing / regulation of inflammatory response / defense response to Gram-negative bacterium / postsynaptic density / defense response to Gram-positive bacterium / glutamatergic synapse / positive regulation of gene expression / nucleolus / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNase III, double-stranded RNA binding domain, animal / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif ...RNase III, double-stranded RNA binding domain, animal / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Showalter, S.A. / Sahu, D. / Kranick, J.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Towards understanding Drosha dsRBDs role in Microprocessing
著者: Showalter, S.A. / Sahu, D. / Kranick, J.C. / Ghosh, D.
履歴
登録2015年12月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9731
ポリマ－8,9731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease 3 / Protein Drosha / Ribonuclease III / RNase III / p241


分子量: 8973.340 Da / 分子数: 1 / 変異: K7I, I62K, Q63K, E66K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DROSHA, RN3, RNASE3L, RNASEN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NRR4, ribonuclease III

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D H(CCO)NH
1713D H(CCO)NH
1812D 1H-1H NOESY
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D HNHA

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試料調製

詳細内容: 850 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100 mM cacodylate pH 7.29, 100 mM potassium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
850 mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMcacodylate pH 7.29-21
100 mMpotassium chloride-31
5 mMbeta-mercaptoethanol-41
10 %D2O-51
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.29 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxchemical shift calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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