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万見
- PDB-2na1: ULD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2na1
タイトルULD complex
要素Polycomb complex protein BMI-1, Polyhomeotic-like 2
キーワードTRANSCRIPTION / bmi1 / phc2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of adaxial/abaxial pattern formation / SUMOylation of RNA binding proteins / Regulation of PTEN gene transcription / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / segment specification ...regulation of adaxial/abaxial pattern formation / SUMOylation of RNA binding proteins / Regulation of PTEN gene transcription / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / segment specification / rostrocaudal neural tube patterning / ubiquitin-protein transferase activator activity / somatic stem cell division / embryonic skeletal system morphogenesis / multicellular organism development / PcG protein complex / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / negative regulation of apoptotic signaling pathway / humoral immune response / hemopoiesis / heterochromatin / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / ubiquitin ligase complex / positive regulation of B cell proliferation / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / promoter-specific chromatin binding / apoptotic signaling pathway / brain development / positive regulation of fibroblast proliferation / histone binding / spermatogenesis / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / in utero embryonic development / nuclear body / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
FCS-type zinc finger superfamily / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...FCS-type zinc finger superfamily / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyhomeotic-like 2 (Drosophila) / Polycomb complex protein BMI-1 / Polyhomeotic-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種mouse (ネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / conformational sampling
Model detailslowest energy, model7
データ登録者Cierpicki, T. / Gray, F. / Cho, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: BMI1 regulates PRC1 architecture and activity through homo- and hetero-oligomerization.
著者: Gray, F. / Cho, H.J. / Shukla, S. / He, S. / Harris, A. / Boytsov, B. / Jaremko, M. / Jaremko, M. / Demeler, B. / Lawlor, E.R. / Grembecka, J. / Cierpicki, T.
履歴
登録2015年12月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb complex protein BMI-1, Polyhomeotic-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2291
ポリマ－18,2291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Polycomb complex protein BMI-1, Polyhomeotic-like 2 / Polycomb group RING finger protein 4 / RING finger protein 51


分子量: 18229.277 Da / 分子数: 1
断片: UNP B1ASA2 residues 30-64, UNP P35226 residues 121-235
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimeric protein / 由来: (組換発現) mouse, Homo sapiens / 遺伝子: Phc2, BMI1, PCGF4, phc2, RNF51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1ASA2, UniProt: P35226, UniProt: Q9QWH1*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HNCO
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 % [U-2H] D2O, 50 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 100 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 %D2O-2[U-2H]1
50 mMsodium chloride-31
1 mMTCEP-41
100 mMTRIS-51
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
SparkyGoddardデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Rosetta(Rosetta-Relax)- Tyka, Keedy, Andre, Dimaio, Song, Richardson, Richardson and Baker精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
精密化手法: conformational sampling / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Rosetta relax program was used for refinement
NMR constraintsNOE constraints total: 144 / NOE intraresidue total count: 43 / NOE long range total count: 45 / NOE medium range total count: 11 / NOE sequential total count: 45 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 13 / Protein psi angle constraints total count: 13
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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