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- PDB-2n8r: Productive complex between MMP-12 and synthetic triple-helical co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n8r
タイトルProductive complex between MMP-12 and synthetic triple-helical collagen, revealed through paramagnetic NMR
要素
  • Collagen triple helix repeat family protein
  • Macrophage metalloelastase
キーワードHYDROLASE/STRUCTURAL PROTEIN / Collagenolysis / matrix petalloproteinase / HYDROLASE-STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development ...macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / positive regulation of interferon-alpha production / core promoter sequence-specific DNA binding / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / cellular response to virus / metalloendopeptidase activity / protein import into nucleus / endopeptidase activity / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin ...Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage metalloelastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Rigid-body docking, Conformer selection
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Prior, S.H. / Van Doren, S.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Path to Collagenolysis: COLLAGEN V TRIPLE-HELIX MODEL BOUND PRODUCTIVELY AND IN ENCOUNTERS BY MATRIX METALLOPROTEINASE-12.
著者: Prior, S.H. / Byrne, T.S. / Tokmina-Roszyk, D. / Fields, G.B. / Van Doren, S.R.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2006
タイトル: 1H, 13C, and 15N peak assignments and secondary structure of human macrophage metalloelastase (MMP-12) in its inhibitor-free state.
著者: Bhaskaran, R. / Van Doren, S.R.
履歴
登録2015年10月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage metalloelastase
B: Collagen triple helix repeat family protein
C: Collagen triple helix repeat family protein
D: Collagen triple helix repeat family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3619
ポリマ－28,1104
非ポリマー2515
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 7500back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Macrophage metalloelastase / MME / Macrophage elastase / ME / hME / Matrix metalloproteinase-12 / MMP-12


分子量: 18235.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP12, HME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / キーワード: MMP-12 / 参照: UniProt: P39900, macrophage elastase
#2: タンパク質・ペプチド Collagen triple helix repeat family protein


分子量: 3291.448 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-99% 15N] MMP, 0.6 mM TOAC labelled in P5 position THP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.25 mM [U-100% 12C; U-100% 15N; U-100% 2H; U-100% 13CH3] MMP, 0.38 mM TOAC labelled in P8' position THP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMMMP-12-1[U-99% 15N]1
0.6 mMTHP-2TOAC labelled in P5 position1
0.25 mMMMP-12-3[U-100% 12C; U-100% 15N; U-100% 2H; U-100% 13CH3]2
0.38 mMTHP-4TOAC labelled in P8' position2
試料状態pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 299 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TOPSPINBruker Biospincollection
TOPSPINBruker Biospin解析
AnalysisCCPNchemical shift assignment
AnalysisCCPNpeak picking
HADDOCK2.1Alexandre Bonvin構造決定
q_test.pyStephen H. Prior構造決定
GROMOSvan Gunsteren and Berendsen精密化
HADDOCK2.1Alexandre Bonvin精密化
q_test.pyStephen H. Prior精密化
精密化手法: Rigid-body docking, Conformer selection / ソフトェア番号: 1
詳細: The Collagen triple helix repeat peptide chain is homology-modeled from 4AUO. The Macrophage metalloelastase enzyme starting structure is 2poj.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 7500 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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