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- PDB-2n8m: Zipcode-binding-protein-1 KH3(DD)KH4 domains in complex with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n8m
タイトルZipcode-binding-protein-1 KH3(DD)KH4 domains in complex with the KH4 RNA target
要素
  • Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*GP*AP*CP*U)-3')
キーワードRNA Binding Protein/RNA / KH Domain / RNA Binding Protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRD-mediated mRNA stability complex / CRD-mediated mRNA stabilization / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / mRNA transport / filopodium / mRNA 3'-UTR binding / P-body / positive regulation of neuron projection development / cytoplasmic stress granule / lamellipodium ...CRD-mediated mRNA stability complex / CRD-mediated mRNA stabilization / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / mRNA transport / filopodium / mRNA 3'-UTR binding / P-body / positive regulation of neuron projection development / cytoplasmic stress granule / lamellipodium / nervous system development / growth cone / regulation of gene expression / negative regulation of translation / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein - #210 / IGF2BP1, RNA recognition motif 1 / IGF2BP1, RNA recognition motif 2 / KH domain / K Homology domain, type 1 / TATA-Binding Protein / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...TATA-Binding Protein - #210 / IGF2BP1, RNA recognition motif 1 / IGF2BP1, RNA recognition motif 2 / KH domain / K Homology domain, type 1 / TATA-Binding Protein / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Nicastro, G. / Ramos, A. / Candel, A. / Hollingworth, D.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Zipcode-binding-protein-1 KH3(DD)KH4 domains in complex with the RNA target UCGGACU
著者: Nicastro, G. / Ramos, A. / Candel, A. / Hollingworth, D.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: KH domains with impaired nucleic acid binding as a tool for functional analysis.
著者: Hollingworth, D. / Candel, A.M. / Nicastro, G. / Martin, S.R. / Briata, P. / Gherzi, R. / Ramos, A.
#2: ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: ZBP1 recognition of beta-actin zipcode induces RNA looping.
著者: Chao, J.A. / Patskovsky, Y. / Patel, V. / Levy, M. / Almo, S.C. / Singer, R.H.
#3: ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2012
タイトル: Spatial arrangement of an RNA zipcode identifies mRNAs under post-transcriptional control.
著者: Patel, V.L. / Mitra, S. / Harris, R. / Buxbaum, A.R. / Lionnet, T. / Brenowitz, M. / Girvin, M. / Levy, M. / Almo, S.C. / Singer, R.H. / Chao, J.A.
履歴
登録2015年10月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
B: RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*GP*AP*CP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8112
ポリマ－22,8112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1 / IGF2 mRNA-binding protein 1 / IMP-1 / IGF-II mRNA-binding protein 1 / VICKZ family member 1 / Zip- ...IGF2 mRNA-binding protein 1 / IMP-1 / IGF-II mRNA-binding protein 1 / VICKZ family member 1 / Zip-code binding polypeptide / Zipcode-binding protein 1 / ZBP-1


分子量: 20613.498 Da / 分子数: 1 / 断片: KH domain (UNP residues 387-573) / 変異: Y14F, K40D, K41D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: IGF2BP1, VICKZ1, ZBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O42254
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*GP*AP*CP*U)-3')


分子量: 2197.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 0.3 mM / 構成要素: protein-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9504

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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