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万見
- PDB-2n88: Chromodomain 3 (CD3) of cpSRP43 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n88
タイトルChromodomain 3 (CD3) of cpSRP43
要素Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
キーワードPROTEIN BINDING / chromodomain / SRP / plant signaling / membrane trafficking / cpSRP
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / disordered domain specific binding / protein-macromolecule adaptor activity ...protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / disordered domain specific binding / protein-macromolecule adaptor activity / protein domain specific binding / protein-containing complex / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle 43kDa protein / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. ...Signal recognition particle 43kDa protein / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model2
データ登録者Hennig, J. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for cpSRP43 chromodomain selectivity and dynamics in Alb3 insertase interaction.
著者: Horn, A. / Hennig, J. / Ahmed, Y.L. / Stier, G. / Wild, K. / Sattler, M. / Sinning, I.
履歴
登録2015年10月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5801
ポリマ－6,5801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic / Chromo protein SRP43 / CpSRP43


分子量: 6580.234 Da / 分子数: 1 / 断片: CD3 (UNP residues 316-373) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CAO, CPSRP43, At2g47450, T30B22.25 / プラスミド: pETtrx_1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22265

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1512D 1H-13C HSQC aliphatic
1612D 1H-13C HSQC aromatic
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D (H)CCH-TOCSY
1923D 1H-13C NOESY aliphatic
11023D 1H-15N NOESY
11123D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.26 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.26 mMCD3-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.8 mMCD3-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 792 / NOE intraresidue total count: 219 / NOE long range total count: 251 / NOE medium range total count: 109 / NOE sequential total count: 213 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 42 / Protein psi angle constraints total count: 43
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.195 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 9 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 3 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.07 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.009 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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