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Yorodumi- PDB-5e4w: Crystal structure of cpSRP43 chromodomains 2 and 3 in complex wit... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5e4w | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of cpSRP43 chromodomains 2 and 3 in complex with the Alb3 tail | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Signal recognition particle / chromodomain / membrane insertase Alb3 / chloroplast / signaling protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationprotein localization to chloroplast / protein import into chloroplast thylakoid membrane / thylakoid membrane organization / protein heterotrimerization / membrane insertase activity / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast thylakoid / chloroplast envelope / chloroplast stroma ...protein localization to chloroplast / protein import into chloroplast thylakoid membrane / thylakoid membrane organization / protein heterotrimerization / membrane insertase activity / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast thylakoid / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / chloroplast / disordered domain specific binding / peroxisome / protein-macromolecule adaptor activity / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Horn, A. / Ahmed, Y.L. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2015Title: Structural basis for cpSRP43 chromodomain selectivity and dynamics in Alb3 insertase interaction. Authors: Horn, A. / Hennig, J. / Ahmed, Y.L. / Stier, G. / Wild, K. / Sattler, M. / Sinning, I. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 5e4w.cif.gz | 198 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5e4w.ent.gz | 159.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5e4w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5e4w_validation.pdf.gz | 470.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5e4w_full_validation.pdf.gz | 473.3 KB | Display | |
| Data in XML | 5e4w_validation.xml.gz | 17.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 5e4w_validation.cif.gz | 23.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e4w | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2n88C ![]() 5e4xC ![]() 3dxbS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 11744.438 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 3-109 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 12032.213 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 265-369 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules EF
| #3: Protein/peptide | Mass: 1152.396 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 453-461 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 45 molecules 




| #4: Chemical | | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.69 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 20% PEG 3350, 0.2 M Ca(OAc)2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.992 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 30, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.992 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.8→45 Å / Num. obs: 12743 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 6.7 |
| Reflection shell | Resolution: 2.8→45 Å / Rmerge(I) obs: 0.93 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3dxb Resolution: 2.8→45 Å / FOM work R set: 0.7134 / SU ML: 0.6 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 33.32 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 156.42 Å2 / Biso mean: 71.57 Å2 / Biso min: 2.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→45 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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