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- PDB-5e4w: Crystal structure of cpSRP43 chromodomains 2 and 3 in complex wit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e4w | ||||||
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Title | Crystal structure of cpSRP43 chromodomains 2 and 3 in complex with the Alb3 tail | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Signal recognition particle / chromodomain / membrane insertase Alb3 / chloroplast / signaling protein | ||||||
Function / homology | ![]() : / protein localization to chloroplast / protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / membrane insertase activity / thylakoid membrane organization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast thylakoid / chloroplast envelope ...: / protein localization to chloroplast / protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / membrane insertase activity / thylakoid membrane organization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast thylakoid / chloroplast envelope / chloroplast stroma / protein insertion into membrane / chloroplast thylakoid membrane / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / chloroplast / peroxisome / disordered domain specific binding / protein-macromolecule adaptor activity / membrane => GO:0016020 / protein domain specific binding / protein-containing complex / identical protein binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Horn, A. / Ahmed, Y.L. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for cpSRP43 chromodomain selectivity and dynamics in Alb3 insertase interaction. Authors: Horn, A. / Hennig, J. / Ahmed, Y.L. / Stier, G. / Wild, K. / Sattler, M. / Sinning, I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 159.7 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 473.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2n88C ![]() 5e4xC ![]() 3dxbS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 11744.438 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 3-109 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 12032.213 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 265-369 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules EF
#3: Protein/peptide | Mass: 1152.396 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 453-461 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 3 types, 45 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 20% PEG 3350, 0.2 M Ca(OAc)2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 30, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.992 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→45 Å / Num. obs: 12743 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→45 Å / Rmerge(I) obs: 0.93 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3dxb Resolution: 2.8→45 Å / FOM work R set: 0.7134 / SU ML: 0.6 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 33.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 156.42 Å2 / Biso mean: 71.57 Å2 / Biso min: 2.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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