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万見
- PDB-2n81: Solution Structure of Lipid Transfer Protein From Pea Pisum Sativum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n81
タイトルSolution Structure of Lipid Transfer Protein From Pea Pisum Sativum
要素Lipid Transfer Protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / ANTIMICROBIAL PROTEIN / ALLERGEN / lipid binding / antimicrobial activity
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-specific lipid-transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Paramonov, A.S. / Rumynskiy, E.I. / Bogdanov, I.V. / Finkina, E.I. / Melnikova, D.N. / Ovchinnikova, T.V. / Shenkarev, Z.O. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: BMC Plant Biol
タイトル: A novel lipid transfer protein from the pea Pisum sativum: isolation, recombinant expression, solution structure, antifungal activity, lipid binding, and allergenic properties.
著者: Bogdanov, I.V. / Shenkarev, Z.O. / Finkina, E.I. / Melnikova, D.N. / Rumynskiy, E.I. / Arseniev, A.S. / Ovchinnikova, T.V.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid Transfer Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5461
ポリマ－9,5461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Lipid Transfer Protein / Ps-LTP1


分子量: 9545.999 Da / 分子数: 1 / 変異: M11L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: Sacharniy 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Star(DE3) / 参照: UniProt: A0A182DV18*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-15N TOCSY
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D HN(CO)CA

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] PS-LTP1, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: PS-LTP1-1 / Isotopic labeling: [U-98% 13C; U-98% 15N]
試料状態イオン強度: 10 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8Keller and Wuthrichpeak picking
CARA1.8Keller and Wuthrichchemical shift calculation
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA1.8Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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