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万見
- PDB-2n80: p75NTR DD:RhoGDI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n80
タイトルp75NTR DD:RhoGDI
要素
  • Rho GDP-dissociation inhibitor 1
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
キーワードSIGNALING PROTEIN / RhoGDI / p75NTR / death domain
機能・相同性
機能・相同性情報


NFG and proNGF binds to p75NTR / death receptor activity / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / Ceramide signalling / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / Rho GDP-dissociation inhibitor activity / negative regulation of hair follicle development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...NFG and proNGF binds to p75NTR / death receptor activity / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / Ceramide signalling / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / Rho GDP-dissociation inhibitor activity / negative regulation of hair follicle development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / neurotrophin binding / nerve growth factor binding / nerve development / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / NADE modulates death signalling / regulation of Rho protein signal transduction / Regulated proteolysis of p75NTR / regulation of synaptic vesicle cycle / hair follicle morphogenesis / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / odontogenesis of dentin-containing tooth / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / immunological synapse / RHOG GTPase cycle / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / RHOA GTPase cycle / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / p75NTR recruits signalling complexes / Rho protein signal transduction / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / coreceptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / GTPase activator activity / axon guidance / negative regulation of cell migration / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / intracellular protein transport / neuromuscular junction / circadian regulation of gene expression / small GTPase binding / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of protein localization to nucleus / Schaffer collateral - CA1 synapse / positive regulation of fibroblast proliferation / cellular response to amyloid-beta / cell-cell junction / transmembrane signaling receptor activity / glucose homeostasis / presynapse / signaling receptor activity / regulation of protein localization / amyloid-beta binding / growth cone / neuron apoptotic process / fibroblast proliferation / perikaryon / dendritic spine / calmodulin binding / cytoskeleton / endosome / postsynaptic density / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1 / Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. ...Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1 / Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16 / Rho GDP-dissociation inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Lin, Z. / Ibanez, C.F.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structural basis of death domain signaling in the p75 neurotrophin receptor
著者: Lin, Z. / Tann, J.Y. / Goh, E.T. / Kelly, C. / Lim, K.B. / Gao, J.F. / Ibanez, C.F.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
B: Rho GDP-dissociation inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0572
ポリマ－30,0572
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16 / Gp80-LNGFR / Low affinity neurotrophin receptor p75NTR / Low-affinity nerve growth factor receptor ...Gp80-LNGFR / Low affinity neurotrophin receptor p75NTR / Low-affinity nerve growth factor receptor / NGF receptor / p75 ICD


分子量: 10172.332 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 334-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGFR, TNFRSF16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08138
#2: タンパク質 Rho GDP-dissociation inhibitor 1 / Rho GDI 1 / Rho-GDI alpha


分子量: 19884.559 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGDIA, GDIA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52565

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D 13C,15N-filtered NOESY
1814D 13C, 15N-edited NOESY
1922D 1H-15N HSQC
11022D 1H-13C HSQC aliphatic
11122D 1H-13C HSQC aromatic
11223D HNCA
11323D HN(CO)CA
11423D (H)CCH-TOCSY
11523D 13C,15N-filtered NOESY
11624D 13C, 15N-edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p75NTR DD-1, 1 mM [U-98% 2H] DTT-2, 10 mM [U-98% 2H] HEPES-3, 1 mM EDTA-4, 1 mM sodium azide-5, 2 mM RhoGDI-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RhoGDI-7, 2 mM p75NTR DD-8, 1 mM [U-98% 2H] DTT-9, 10 mM [U-98% 2H] HEPES-10, 1 mM EDTA-11, 1 mM sodium azide-12, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMp75NTR DD-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMDTT-2[U-98% 2H]1
10 mMHEPES-3[U-98% 2H]1
1 mMEDTA-41
1 mMsodium azide-51
2 mMRhoGDI-61
0.5 mMRhoGDI-7[U-99% 13C; U-99% 15N]2
2 mMp75NTR DD-82
1 mMDTT-9[U-98% 2H]2
10 mMHEPES-10[U-98% 2H]2
1 mMEDTA-112
1 mMsodium azide-122
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 301 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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