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万見
- PDB-2n7k: Unveiling the structural determinants of KIAA0323 binding prefere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n7k
タイトルUnveiling the structural determinants of KIAA0323 binding preference for NEDD8
要素
  • NEDD8
  • Protein KHNYN
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis / RNA endonuclease activity / Iron uptake and transport / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein modification process ...protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis / RNA endonuclease activity / Iron uptake and transport / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein modification process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / UCH proteinases / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / intracellular protein localization / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynapse / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / N4BP1, first type I KH-domain / N4BP1, second type I KH-domain / N4BP1, C-terminal UBA domain / Ribonuclease Zc3h12a-like, NYN domain / : / Zc3h12a-like Ribonuclease NYN domain / Nedd8-like ubiquitin ...: / : / : / N4BP1, first type I KH-domain / N4BP1, second type I KH-domain / N4BP1, C-terminal UBA domain / Ribonuclease Zc3h12a-like, NYN domain / : / Zc3h12a-like Ribonuclease NYN domain / Nedd8-like ubiquitin / K Homology domain, type 1 superfamily / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein KHNYN / Ubiquitin-like protein NEDD8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Santonico, E. / Nepravishta, R. / Mattioni, A. / Valentini, E. / Mandaliti, W. / Procopio, R. / Iannuccelli, M. / Castagnoli, L. / Polo, S. / Paci, M. / Cesareni, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Unveiling the structural determinants of KIAA0323 binding preference for NEDD8
著者: Santonico, E. / Nepravishta, R. / Mattioni, A. / Valentini, E. / Mandaliti, W. / Procopio, R. / Iannuccelli, M. / Castagnoli, L. / Polo, S. / Paci, M. / Cesareni, G.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEDD8
B: Protein KHNYN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3862
ポリマ－15,3862
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area804 Å2
ΔGint-9.4 kcal/mol
Surface area8661.7 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 9086.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15843
#2: タンパク質 Protein KHNYN / KH and NYN domain-containing protein


分子量: 6299.187 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 627-678 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHNYN, KIAA0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15037

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-15N TOCSY
1412D 1H-1H TOCSY
1513D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.15-1.5 mM [U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料単位: mM / 構成要素: entity_1-1 / Isotopic labeling: [U-100% 15N] / Conc. range: 0.15-1.5
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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