PDB-2n7e: Solution structure of the UBL domain of yeast Ddi1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n7e

タイトル

Solution structure of the UBL domain of yeast Ddi1

要素

DNA damage-inducible protein 1

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / DDI1

機能・相同性

機能・相同性情報

proteasome regulatory particle binding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / protein secretion / polyubiquitin modification-dependent protein binding / vesicle-mediated transport / SNARE binding / ubiquitin binding / positive regulation of DNA replication / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics

データ登録者

Siva, M. / Grantz Saskova, K. / Veverka, V.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural studies of the yeast DNA damage-inducible protein Ddi1 reveal domain architecture of this eukaryotic protein family.
著者: Trempe, J.F. / Saskova, K.G. / Siva, M. / Ratcliffe, C.D. / Veverka, V. / Hoegl, A. / Menade, M. / Feng, X. / Shenker, S. / Svoboda, M. / Kozisek, M. / Konvalinka, J. / Gehring, K.

履歴

登録	2015年9月9日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月3日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2016年10月12日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n7e.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n7e.ent.gz	962.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/2n7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/2n7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z2zC 5kesC 2n7d C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zxt-4 2wbr-d 1zxt-3 4q3h-2 5iri-1 2kcm-d 4q3h-1 3e6z-d 2yzt-d 3crd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25803

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA damage-inducible protein 1

9.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	43 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	DNA damage-inducible protein 1 / v-SNARE-master 1 分子量: 9691.938 Da / 分子数: 1 / 断片: UBL domain (UNP residues 1-80) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DDI1, VSM1, YER143W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40087

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.4 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
25 mM	sodium phosphate-1		1
100 mM	sodium chloride-2		1
0.4 mM	protein-3	[U-13C; U-15N]	1

試料状態

イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
YASARA	YASARA	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 43

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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