PDB-2n7d: Solution structure of the UBL domain of human Ddi2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n7d

タイトル

Solution structure of the UBL domain of human Ddi2

要素

Protein DDI1 homolog 2

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / DDI2

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA stability / cellular response to hydroxyurea / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin binding / regulation of protein stability / protein processing / chromosome / aspartic-type endopeptidase activity / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics

データ登録者

Siva, M. / Grantz Saskova, K. / Veverka, V.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Human DNA-Damage-Inducible 2 Protein Is Structurally and Functionally Distinct from Its Yeast Ortholog.
著者: Siva, M. / Svoboda, M. / Veverka, V. / Trempe, J.F. / Hofmann, K. / Kozisek, M. / Hexnerova, R. / Sedlak, F. / Belza, J. / Brynda, J. / Sacha, P. / Hubalek, M. / Starkova, J. / Flaisigova, I. ...

履歴

登録	2015年9月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月10日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n7d.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n7d.ent.gz	1013.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n7d_validation.pdf.gz	551.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n7d_full_validation.pdf.gz	778.5 KB	表示
XML形式データ	2n7d_validation.xml.gz	58.6 KB	表示
CIF形式データ	2n7d_validation.cif.gz	99.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/2n7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/2n7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k57C 2n7e C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kb4-d 2ffw-d 3fbz-4 3fbz-3 1gd2-2 3fbz-1 6j68-2 3fbz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25801

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein DDI1 homolog 2

11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	40 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Protein DDI1 homolog 2 分子量: 11142.463 Da / 分子数: 1 / 断片: UBL domain (UNP residues 1-76) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TDH0

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	1	3D 1H-13C NOESY
1	6	1	3D 1H-15N NOESY
1	7	1	3D HNCO

-
試料調製

詳細

内容: 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
25 mM	sodium phosphate-1	1
100 mM	sodium chloride-2	1

試料状態

イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	850	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
YASARA	YASARA	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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