PDB-2n6e: NMR structure of a DUF1491 family protein (CC_1065) from Caulobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n6e

タイトル

NMR structure of a DUF1491 family protein (CC_1065) from Caulobacter crescentus CB15

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

Protein of unknown function (DUF1491) / Protein of unknown function DUF1491 / Protein of unknown function (DUF1491) / hypothetical protein tt1805 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DUF1491 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter crescentus (バクテリア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics, Torsion Angle Dynamics

データ登録者

Qin, H. / Serrano, P. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of a DUF1491 family protein (CC_1065) from Caulobacter crescentus CB15
著者: Qin, H.T. / Wuthrich, K. / Serrano, P.

履歴

登録	2015年8月19日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n6e.cif.gz	709 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n6e.ent.gz	600.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/2n6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/2n6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1khy-2 2vn1-2 4o6k-4 6xua-d 2va0-2 7aki-d 1ssf-d 5wrd-5 4edl-3 3elz-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25761 TargetTrack: JCSG-361201

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 12262.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_1065 / プラスミド: pSpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A9C4

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	3	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	APSY 4D-HACANH
1	6	1	APSY 5D-CBCA(CO)NH
1	7	1	APSY 5D-(HA)CA(CO)NH

-
試料調製

詳細

内容: 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.2 mM	protein-1	[U-98% 13C; U-98% 15N]	1
50 mM	sodium chloride-2		1
20 mM	sodium phosphate-3		1
5 mM	sodium azide-4		1

試料状態

イオン強度: 0.24 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software	名称: CYANA / 開発者: Guntert, P. et al. / 分類: 精密化
精密化	手法: molecular dynamics, Torsion Angle Dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: SEMI-AUTOMATED STRUCTURE DETERMINATION WITH THE J-UNIO SUITE
NMR constraints	NOE constraints total: 1795 / NOE intraresidue total count: 428 / NOE long range total count: 535 / NOE medium range total count: 323 / NOE sequential total count: 509
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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