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- PDB-2n60: G-quadruplexes with (4n-1) guanines in the G-tetrad core: formati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n60
タイトルG-quadruplexes with (4n-1) guanines in the G-tetrad core: formation of a G-triad water complex and implication for small-molecule binding
要素DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / Vacant site / 11 guanines / G-triad / K+ solution
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Heddi, B. / Martin-Pintado, N. / Serimbetov, Z. / Kari, T.M. / Phan, A.T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: G-quadruplexes with (4n - 1) guanines in the G-tetrad core: formation of a G-triadwater complex and implication for small-molecule binding
著者: Heddi, B. / Martin-Pintado, N. / Serimbetov, Z. / Kari, T.M. / Phan, A.T.
履歴
登録2015年8月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7061
ポリマ－5,7061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 5705.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1232D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H HMBC
1421D 15N-filtered 1H NMR
1541D 1H NMR
1611D 1H NMR

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.1-1.2 mM DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.2-0.4 mM [U-4% 15N] DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6-1.2 mM DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-3, 100% D2O100% D2O
40.2-0.4 mM [U-100% 2H] DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMDNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-10.1-1.21
mMDNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-2[U-4% 15N]0.2-0.42
mMDNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-30.6-1.23
mMDNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')-4[U-100% 2H]0.2-0.44
試料状態イオン強度: 45 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift calculation
SparkyGoddardデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
X-PLORSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLORSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SpinWorkshttp://home.cc.umanitoba.ca/~wolowiec/spinworksデータ解析
精密化手法: molecular dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA chi-angle constraints total count: 11 / NOE intraresidue total count: 91 / NOE medium range total count: 12 / NOE sequential total count: 45
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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