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万見
- PDB-2n5t: Ensemble solution structure of the phosphoenolpyruvate-Enzyme I c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n5t
タイトルEnsemble solution structure of the phosphoenolpyruvate-Enzyme I complex from the bacterial phosphotransferase system
要素Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PtsI, HPr-binding domain / Phosphotransferase system, enzyme I / : / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. ...PtsI, HPr-binding domain / Phosphotransferase system, enzyme I / : / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Glucose Oxidase; domain 1 / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Venditti, V. / Schwieters, C.D. / Grishaev, A. / Clore, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Dynamic equilibrium between closed and partially closed states of the bacterial Enzyme I unveiled by solution NMR and X-ray scattering.
著者: Venditti, V. / Schwieters, C.D. / Grishaev, A. / Clore, G.M.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32019年4月17日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine ...pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_software / struct
Item: _pdbx_nmr_exptl_sample.component / _pdbx_nmr_exptl_sample.isotopic_labeling ..._pdbx_nmr_exptl_sample.component / _pdbx_nmr_exptl_sample.isotopic_labeling / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_software.name / _struct.title
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
B: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2712
ポリマ－127,2712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3478.4 Å2
ΔGint-21.1 kcal/mol
Surface area54430.8 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / Phosphotransferase system / enzyme I


分子量: 63635.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ptsI, b2416, JW2409 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08839, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase

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実験情報

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実験

実験
手法詳細
溶液NMREnsemble Solution structure of the phosphoenolpyruvate-Enzyme I complex from the bacterial hosphotransferase system as determined by NMR residual dipolar couplings and solution X-ray scattering
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111ARTSY
1212D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.4 mM [U-13C; U-15N; U-2H] EIA, 20 mM TRIS, 1 mM EDTA, 100 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMEIA[U-13C; U-15N; U-2H]1
20 mMTRISnatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: The deposited structures represent two-membered ensembles with varying weights which must be considered together to properly reproduce the RDC and SAXS data. The first members of 10 ensembles ...詳細: The deposited structures represent two-membered ensembles with varying weights which must be considered together to properly reproduce the RDC and SAXS data. The first members of 10 ensembles are reported in models 1-10 which were allowed rigid-body motion of subunits, arbitrary motion of linker regions and torsion degrees of freedom for sidechains. The second member of each ensemble is represented in model 11, which was fixed in the calculations. The ten pairs of weights for the ten ensemble members are Ensemble 1: MODEL 1, weight: 0.503 MODEL 11, weight: 0.497 Ensemble 2: MODEL 2, weight: 0.518 MODEL 11, weight: 0.482 Ensemble 3: MODEL 3, weight: 0.526 MODEL 11, weight: 0.474 Ensemble 4: MODEL 4, weight: 0.520 MODEL 11, weight: 0.480 Ensemble 5: MODEL 5, weight: 0.508 MODEL 11, weight: 0.492 Ensemble 6: MODEL 6, weight: 0.531 MODEL 11, weight: 0.469 Ensemble 7: MODEL 7, weight: 0.498 MODEL 11, weight: 0.501 Ensemble 8: MODEL 8, weight: 0.524 MODEL 11, weight: 0.476 Ensemble 9: MODEL 9, weight: 0.514 MODEL 11, weight: 0.486 Ensemble 10: MODEL 10, weight: 0.526 MODEL 11, weight: 0.474
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 11 / Maximum torsion angle constraint violation: 19.4 °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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