PDB-2n5m: Unveiling the structural determinants of KIAA0323 binding prefere...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n5m

タイトル

Unveiling the structural determinants of KIAA0323 binding preference for NEDD8

要素

Protein KHNYN

キーワード

UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA endonuclease activity / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Santonico, E. / Nepravishta, R. / Mattioni, A. / Valentini, E. / Mandaliti, W. / Procopio, R. / Iannuccelli, M. / Castagnoli, L. / Polo, S. / Paci, M. / Cesareni, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Unveiling the structural determinants of KIAA0323 binding preference for NEDD8.
著者: Santonico, E. / Nepravishta, R. / Mattioni, A. / Valentini, E. / Mandaliti, W. / Procopio, R. / Iannuccelli, M. / Castagnoli, L. / Polo, S. / Paci, M. / Cesareni, G.

履歴

登録	2015年7月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n5m.cif.gz	179.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n5m.ent.gz	146.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n5m_validation.pdf.gz	527.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n5m_full_validation.pdf.gz	736.5 KB	表示
XML形式データ	2n5m_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	2n5m_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1t7b-d 4ins-2 1awo-d 2xk0-d 6qkq-d 3i3c-4 2mh2-d 3i3c-2 2mdc-d 5epk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25722

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein KHNYN

6.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Protein KHNYN / KH and NYN domain-containing protein 分子量: 6299.187 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 627-678 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHNYN, KIAA0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15037

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	3D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 0.16-1.2 mM [U-100% 15N] KIAA0323, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	単位: mM / 構成要素: KIAA0323-1 / Isotopic labeling: [U-100% 15N] / Conc. range: 0.16-1.2
試料状態	イオン強度: 0.012 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	geometry optimization
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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