PDB-2n5h: PltL-holo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n5h

タイトル

PltL-holo

要素

Peptidyl carrier protein PltL

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / peptidyl carrier protein / pyoluteorin / PltL / pyrrole

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas protegens (バクテリア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Jaremko, M.J. / Lee, D.J. / Burkart, M.D.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Structure and Substrate Sequestration in the Pyoluteorin Type II Peptidyl Carrier Protein PltL.
著者: Jaremko, M.J. / Lee, D.J. / Opella, S.J. / Burkart, M.D.

履歴

登録	2015年7月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n5h.cif.gz	577.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n5h.ent.gz	487.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n5h_validation.pdf.gz	517.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n5h_full_validation.pdf.gz	871 KB	表示
XML形式データ	2n5h_validation.xml.gz	86.6 KB	表示
CIF形式データ	2n5h_validation.cif.gz	77.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n5iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ude-2 3b1l-d 2jq4-d 2jnv-d 6exj-2 5tr5-d 2kfj-d 1wm2-d 2luw-d 1gxu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25716

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Peptidyl carrier protein PltL

ヘテロ分子

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Peptidyl carrier protein PltL 分子量: 10312.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas protegens (バクテリア) 株: Pf-5 / ATCC BAA-477 / 遺伝子: pltL, PFL_2786 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KCZ1
#2: 化合物	ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE 分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	9	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	10	1	3D (H)CCH-COSY

-
試料調製

詳細

内容: 50 mM potassium phosphate, 5 mM TCEP, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
50 mM	potassium phosphate-1	1
5 mM	TCEP-2	1
0.1 %	sodium azide-3	1

試料状態

pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian VS 500	Varian	VS 500	500	1
Bruker Avance 600	Bruker	Avance 600	600	2
Varian VS 800	Varian	VS 800	800	3

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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