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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n5g | ||||||
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タイトル | NMR structure of KorA, a plasmid-encoded, global transcription regulator KorA | ||||||
要素 | TrfB transcriptional repressor protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | TrfB transcriptional repressor protein / TrfB plasmid transcriptional repressor / DNA binding / TrfB transcriptional repressor protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model167 | ||||||
データ登録者 | Rajasekar, K.V. / Lovering, A.L. / Dancea, F.V. / Scott, D.J. / Harris, S. / Bingle, L.E. / Roessle, M. / Thomas, C.M. / Hyde, E.I. / White, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: Flexibility of KorA, a plasmid-encoded, global transcription regulator, in the presence and the absence of its operator. 著者: Rajasekar, K.V. / Lovering, A.L. / Dancea, F. / Scott, D.J. / Harris, S.A. / Bingle, L.E. / Roessle, M. / Thomas, C.M. / Hyde, E.I. / White, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2n5g.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2n5g.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2n5g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2n5g_validation.pdf.gz | 481.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2n5g_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2n5g_validation.xml.gz | 176.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2n5g_validation.cif.gz | 149.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n5g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11323.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trfB, korA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03052 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR / 詳細: KorA Repressor Protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-13C; U-15N] KorA, 25 mM Phosphate Buffer, 0.1 mM EDTA, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 6.2 / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |