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万見
- PDB-2n5g: NMR structure of KorA, a plasmid-encoded, global transcription re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n5g
タイトルNMR structure of KorA, a plasmid-encoded, global transcription regulator KorA
要素TrfB transcriptional repressor protein
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性TrfB transcriptional repressor protein / TrfB plasmid transcriptional repressor / : / DNA binding / TrfB transcriptional repressor protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model167
データ登録者Rajasekar, K.V. / Lovering, A.L. / Dancea, F.V. / Scott, D.J. / Harris, S. / Bingle, L.E. / Roessle, M. / Thomas, C.M. / Hyde, E.I. / White, S.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Flexibility of KorA, a plasmid-encoded, global transcription regulator, in the presence and the absence of its operator.
著者: Rajasekar, K.V. / Lovering, A.L. / Dancea, F. / Scott, D.J. / Harris, S.A. / Bingle, L.E. / Roessle, M. / Thomas, C.M. / Hyde, E.I. / White, S.A.
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrfB transcriptional repressor protein
B: TrfB transcriptional repressor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6482
ポリマ－22,6482
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 TrfB transcriptional repressor protein / Regulatory protein KorA


分子量: 11323.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trfB, korA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03052

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: KorA Repressor Protein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HN(CO)CA
131HNCO
141HN(CA)CO
151CBCA(CO)NH
161HN(CA)CB
171HB(CB)HA(CA)CONH
181HB(CB)HA(CA)NH
191HC(C)H-TOCSY
1101TOCSY-15N HSQC
1111(H)CC(CO)NH-TOCSY
1121H(CC)(CO)NH-TOCSY
11312D 1H-1H TOCSY
1141(HB) CB (CG CD) HD
1151(HB) CB (CG CD CE) HE

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-13C; U-15N] KorA, 25 mM Phosphate Buffer, 0.1 mM EDTA, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMKorA-1[U-13C; U-15N]1
25 mMPhosphate Buffer-21
0.1 mMEDTA-31
試料状態pH: 6.2 / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian Unity PlusVarianUNITYPLUS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CCPN1.0.8CCPNchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
NMRPipeLinge, O'Donoghue and Nilges解析
NMRPipeLinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
NMRPipeLinge, O'Donoghue and Nilges解析
NMRPipeLinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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